Background: G-protein coupled receptors (GPCRs) are involved in many different physiological processes and their function can be modulated by small molecules which bind in the transmembrane (TM) domain. Because of their structural and sequence conservation, the TM domains are often used in bioinformatics approaches to first create a multiple sequence alignment (MSA) and subsequently identify ligand binding positions. So far methods have been developed to predict the common ligand binding residue positions for class A GPCRs.Results: Here we present 1) ss-TEA, a method to identify specific ligand binding residue positions for any receptor, predicated on high quality sequence information. 2) The largest MSA of class A non olfactory GPCRs in the public domain consisting of 13324 sequences covering most of the species homologues of the human set of GPCRs. A set of ligand binding residue positions extracted from literature of 10 different receptors shows that our method has the best ligand binding residue prediction for 9 of these 10 receptors compared to another state-of-the-art method.Conclusions: The combination of the large multi species alignment and the newly introduced residue selection method ss-TEA can be used to rapidly identify subfamily specific ligand binding residues. This approach can aid the design of site directed mutagenesis experiments, explain receptor function and improve modelling. The method is also available online via GPCRDB at http://www.gpcr.org/7tm/. © 2011 Sanders et al; licensee BioMed Central Ltd.
DOCUMENT
As the Dutch population is aging, the field of music-in-healthcare keeps expanding. Healthcare, institutionally and at home, is multiprofessional and demands interprofessional collaboration. Musicians are sought-after collaborators in social and healthcare fields, yet lesser-known agents of this multiprofessional group. Although live music supports social-emotional wellbeing and vitality, and nurtures compassionate care delivery, interprofessional collaboration between musicians, social work, and healthcare professionals remains marginal. This limits optimising and integrating music-making in the care. A significant part of this problem is a lack of collaborative transdisciplinary education for music, social, and healthcare students that deep-dives into the development of interprofessional skills. To meet the growing demand for musical collaborations by particularly elderly care organisations, and to innovate musical contributions to the quality of social and healthcare in Northern Netherlands, a transdisciplinary education for music, physiotherapy, and social work studies is needed. This project aims to equip multiprofessional student groups of Hanze with interprofessional skills through co-creative transdisciplinary learning aimed at innovating and improving musical collaborative approaches for working with vulnerable, often older people. The education builds upon experiential learning in Learning LABs, and collaborative project work in real-life care settings, supported by transdisciplinary community forming.The expected outcomes include a new concept of a transdisciplinary education for HBO-curricula, concrete building blocks for a transdisciplinary arts-in-health minor study, innovative student-led approaches for supporting the care and wellbeing of (older) vulnerable people, enhanced integration of musicians in interprofessional care teams, and new interprofessional structures for educational collaboration between music, social work and healthcare faculties.
Wetenschappers gebruiken bioorthogonale klikreacties tussen trans-cyclooctenen (TCOs) en tetrazines (Tz) om geheel nieuwe geneesmiddelen te ontwikkelen waarmee heel gericht cruciale biologische doelmoleculen kunnen worden geraakt, zodat ziektes op een veel selectievere manier kunnen worden behandeld. Recentelijk heeft de Radboud Universiteit een nieuw TCO-derivaat ontwikkeld en geoctrooieerd dat beschikt over twee orthogonale handvatten, goede stabiliteit, een snelle klik-kinetiek en een biocompatibele “click-to-release” functionaliteit. Bovendien kan deze TCO in een efficiënte synthese met hoge zuiverheid geproduceerd worden in tegenstelling tot vergelijkbare gepubliceerde stoffen. Binnen dit KIEM project zullen ‘ready-to-use’ TCO-producten ontwikkeld worden, gebaseerd op dit nieuwe TCO-derivaat. Dit is belangrijk om de drempel te verlagen voor onderzoekers om deze nieuwe technologie te benutten in hun toepassingen en versnelt daarmee de ontwikkeling van “slimme” geneesmiddelen of materialen. De werkzaamheden in dit project zullen bestaan uit literatuuronderzoek, synthetisch ontwerp van TCO-derivaten, chemische synthese, onderzoek naar de eigenschappen van de stoffen en contact leggen met potentiele gebruikers. De beoogde projectresultaten zijn chemische methoden om geactiveerde TCOs te synthetiseren, 5–10 geactiveerde eindproducten, inzicht in de chemie van TCOs, inzicht in de kinetiek en stabiliteit van de nieuwe TCOs en nieuwe samenwerkingen. In dit project wordt samengewerkt tussen de Radboud Universiteit en het biotechnologiebedrijf Synvenio. Binnen de synthetisch organische chemie afdeling van de Radboud Universiteit is de eerdergenoemde nieuwe TCO ontwikkeld. Synvenio is een jong biotechnologiebedrijf dat bioactieve stoffen beschikbaar maakt voor biochemisch- en biomedische onderzoekers. Het team bestaat uit chemici met veel affiniteit met biochemie, waaronder een van de uitvinders van de nieuwe TCO.
Leraren van de Montessori Scholengemeenschap Amsterdam (MSA) hebben binnen de grootstedelijke context te maken met grote uitdagingen ten aanzien van diversiteit en kansengelijkheid. Die uitdagingen vragen om duurzame veranderingen van praktijken en routines in een school en daarmee een gezamenlijke inzet van alle betrokkenen op team- en organisatieniveau. Het gezamenlijk vinden van antwoorden op die uitdagingen vraagt immers om het ontwikkelen en bundelen van kennis en expertise, met andere woorden om het met en van elkaar leren over grootstedelijke onderwijsvraagstukken. Dit vraagt om wezenlijke veranderingen in de wijze waarop leraren van en met elkaar leren. Om die veranderingen te initiëren is een integrale en systemische aanpak nodig waarin interventies worden doorgevoerd om leren op team- en organisatieniveau te stimuleren. De aanpak van dit praktijkprobleem vraagt om een herijking van het beroepsbeeld en –structuur door de leraar als teamspeler te profileren, om wezenlijke transities in de wijze waarop professionalisering van de leraar binnen MSA georganiseerd en uitgedragen wordt en om fundamentele veranderingen in de inrichting van de schoolorganisatie. Dat leidt tot de volgende hoofdvraag: Hoe kan ik interveniëren in een conventioneel schoolsysteem om het leren op team- en organisatieniveau te versterken teneinde bij te dragen aan duurzame school- en onderwijsontwikkeling? Hierbij is de verwachting dat door veranderprocessen en weloverwogen interventies in gang te zetten die zowel de leraar als andere betrokkenen in een schoolsysteem ertoe aanzetten om in georganiseerde vorm met en van elkaar gericht te leren er een duidelijke leercontext gerealiseerd wordt waardoor de leeropbrengsten duurzame school- en onderwijsontwikkeling versterken. Doel van dit PD-traject is derhalve om een verschuiving te realiseren van individueel leren naar team- en organisatieleren binnen MSA waardoor leraren en andere betrokkenen binnen de school gezamenlijk effectiever vorm geven aan duurzame school- en onderwijsontwikkeling.
Lectoraat, onderdeel van NHL Stenden Hogeschool
Lectoraat, onderdeel van NHL Stenden Hogeschool