This article demonstrates ‘the stemfie’ to be an interesting current example of the enactment of liveness within media practices. The photo taken of oneself while (or just after) voting and consequently shared with others via online social networks, connects us to an event that is important to us as it unfolds, enacting the two core features of liveness: immediacy and affinity.
BACKGROUND: Our previously published CUDA-only application PaSWAS for Smith-Waterman (SW) sequence alignment of any type of sequence on NVIDIA-based GPUs is platform-specific and therefore adopted less than could be. The OpenCL language is supported more widely and allows use on a variety of hardware platforms. Moreover, there is a need to promote the adoption of parallel computing in bioinformatics by making its use and extension more simple through more and better application of high-level languages commonly used in bioinformatics, such as Python.RESULTS: The novel application pyPaSWAS presents the parallel SW sequence alignment code fully packed in Python. It is a generic SW implementation running on several hardware platforms with multi-core systems and/or GPUs that provides accurate sequence alignments that also can be inspected for alignment details. Additionally, pyPaSWAS support the affine gap penalty. Python libraries are used for automated system configuration, I/O and logging. This way, the Python environment will stimulate further extension and use of pyPaSWAS.CONCLUSIONS: pyPaSWAS presents an easy Python-based environment for accurate and retrievable parallel SW sequence alignments on GPUs and multi-core systems. The strategy of integrating Python with high-performance parallel compute languages to create a developer- and user-friendly environment should be considered for other computationally intensive bioinformatics algorithms.
With summaries in Dutch, Esperanto and English. DOI: 10.4233/uuid:d7132920-346e-47c6-b754-00dc5672b437 "The subject of this study is deformation analysis of the earth's surface (or part of it) and spatial objects on, above or below it. Such analyses are needed in many domains of society. Geodetic deformation analysis uses various types of geodetic measurements to substantiate statements about changes in geometric positions.Professional practice, e.g. in the Netherlands, regularly applies methods for geodetic deformation analysis that have shortcomings, e.g. because the methods apply substandard analysis models or defective testing methods. These shortcomings hamper communication about the results of deformation analyses with the various parties involved. To improve communication solid analysis models and a common language have to be used, which requires standardisation.Operational demands for geodetic deformation analysis are the reason to formulate in this study seven characteristic elements that a solid analysis model needs to possess. Such a model can handle time series of several epochs. It analyses only size and form, not position and orientation of the reference system; and datum points may be under influence of deformation. The geodetic and physical models are combined in one adjustment model. Full use is made of available stochastic information. Statistical testing and computation of minimal detectable deformations is incorporated. Solution methods can handle rank deficient matrices (both model matrix and cofactor matrix). And, finally, a search for the best hypothesis/model is implemented. Because a geodetic deformation analysis model with all seven elements does not exist, this study develops such a model.For effective standardisation geodetic deformation analysis models need: practical key performance indicators; a clear procedure for using the model; and the possibility to graphically visualise the estimated deformations."
Ontwikkelen van bioraffinage-processen is één van de belangrijkste technologische ontwikkelingen voor de transitie van de op fossiele grondstoffen gebaseerde economie naar de biobased economie. Onder bioraffinage verstaat men het geheel aan extractie- en scheidingstechnologieën die het mogelijk maakt om biomassa te fractioneren in zijn individuele componenten. Deze componenten krijgen elk nieuwe hoogwaardige toepassingen. Momenteel zijn in Nederland een gering aantal bedrijven bezig met bioraffinage. Hierbij wordt ge-bruik gemaakt van biomassa’s die tot voor kort gezien werden als afval. Echter, in de biobased economie spreekt men niet over afval maar over nevenstromen. Door nevenstromen te raffineren tot hoogwaardige producten wordt waarde gecreëerd én wordt biomassa volledig benut. De eerste stap in veel bioraffinage-processen is het scheiden van biomassa in de oplosbare waterige fractie en de onoplosbare vezelfractie. De onoplosbare vezelfractie wordt momenteel gebruikt als bijvoorbeeld verpakkingsmateriaal of voedingsvezel in de diervoeding. De oplosbare fractie wordt momenteel als geheel gebruikt in meestal laagwaardige toepassingen zoals diervoeding of biovergisting. Steeds meer bedrijven vragen om hoogwaardigere toepassingen en daarvoor zullen de fracties verder gescheiden moeten worden. De hiervoor benodigde technologieën zijn nog volop in ontwikkeling. Op verzoek van de deelnemende bedrijven zal in dit project een aantal scheidings- en extractietechnologieën met elkaar vergeleken en verder ontwikkeld worden zodat ze als onderdeel van het bioraffinage-proces leiden tot producten met een zo hoogwaardig mogelijke toepassing. De productie van zogenaamde platformchemicaliën met behulp van fermentatie kan één van de toepassingen zijn. Dit project heeft tot doel een proof-of-principle te laten zien om vanuit biomassa tot platformchemicaliën te komen die kunnen worden ingezet als grondstof van bioplastics. Dit project moet leiden tot kennis over en toepassing van bioraffinage extractie- en scheidingstechnologieën waarbij tevens de economische factoren van implementatie van nieuwe processen en toepassingen in kaart wordt gebracht. De kennis zal gedeeld worden met belanghebbende marktpartijen en het onderwijs.
Dit voorstel getiteld ?Circulaire Rundermest? staat een integrale aanpak voor ogen van de mestproblematiek in de melkveehouderij. Een consortium van MKB bedrijven wil samen met de Vilentum Hogeschool de eerste stappen zetten om bij te dragen aan een duurzame oplossing voor de Nederlandse mestproblematiek en toekomstige fosfaatschaarste. Het oplossen van het Nederlandse mestoverschot is cruciaal voor de overleving van de veehouderijsector in Nederland. In combinatie daarbij tevens de (toekomstige) schaarste aan fosfaat oplossen is een kans voor de Nederlandse landbouw. Gezien de ervaringen uit het verleden rondom de mestproblematiek wordt de aanpak gericht op marktconforme producten maken uit het mestoverschot, in plaats van de afvalbenadering, waarbij uitgegaan wordt van het circulaire gedachtegoed. Andere unieke aspecten in dit traject zijn i) de applicatie van een nieuwe high-tech scheidingstechnologie en ii) gebruikmaking van nieuwe combinaties van bestaande bioraffinage-technieken. Er wordt gestreefd naar het produceren van minimaal twee eindproducten: i) een anorganische fosfaat rijke fractie en ii) een organische fosfaatarme fractie. Deze fracties voldoen aan alle kwaliteitseisen om in de markt toegepast te worden als fosfor/fosfaatmeststof en bodemverbeteraar. Om dit te bereiken wordt door middel van praktijkgericht onderzoek antwoord gegeven op de onderzoeksvraag: ?Welke combinaties van bioraffinage-technieken zijn duurzaam en effectief voor het synthetiseren marktconforme fosfor/fosfaatconcentraten en organische stof producten uit rundermest?? Op basis van ervaringen uit de praktijk en opgedane kennis bij de betrokken lectoraten en de projectpartners wordt een conceptueel raffinage proces ontworpen. Dit proces wordt vervolgens in deelstappen experimenteel getoetst zowel bij de deelnemend MKB als bij de aangesloten hogescholen. Het optimale design wordt tenslotte in de praktijk getoetst door samenwerking van de aangesloten MKB projectpartners. Dit totaal wordt gecomplementeerd met economische en ecologische analyses ter vergelijking met bestaande systemen van de gemaakte keuzes. Relevante uitkomsten voor de sector over marktconforme producten en best presterende scheidingstechnieken worden onder andere via (vak)publicaties en een symposia verspreid.
