Application of animal manure to soils results in the introduction of manure-derived bacteria and their antimicrobial resistance genes (ARGs) into soils. ResCap is a novel targeted-metagenomic approach that allows the detection of minority components of the resistome gene pool without the cost-prohibitive coverage depths and can provide a valuable tool to study the spread of antimicrobial resistance (AMR) in the environment. We used high-throughput sequencing and qPCR for 16S rRNA gene fragments as well as ResCap to explore the dynamics of bacteria, and ARGs introduced to soils and adjacent water ditches, both at community and individual scale, over a period of three weeks. The soil bacteriome and resistome showed strong resilience to the input of manure, as manuring did not impact the overall structure of the bacteriome, and its effects on the resistome were transient. Initially, manure application resulted in a substantial increase of ARGs in soils and adjacent waters, while not affecting the overall bacterial community composition. Still, specific families increased after manure application, either through the input of manure (e.g., Dysgonomonadaceae) or through enrichment after manuring (e.g., Pseudomonadaceae). Depending on the type of ARG, manure application resulted mostly in an increase (e.g., aph(6)-Id), but occasionally also in a decrease (e.g., dfrB3) of the absolute abundance of ARG clusters (FPKM/kg or L). This study shows that the structures of the bacteriome and resistome are shaped by different factors, where the bacterial community composition could not explain the changes in ARG diversity or abundances. Also, it highlights the potential of applying targeted metagenomic techniques, such as ResCap, to study the fate of AMR in the environment.
MULTIFILE
In dit artikel wordt een onderscheid gemaakt tussen verschillende soorten professionaliseringsactiviteiten van docenten in het hoger onderwijs met betrekking tot onderwijsinnovatie. Onderzoeker Madeleine Hulsen van het iXperium is onderdeel van het consortium Teachers2Learn en heeft meegewerkt aan de recent verschenen publicatie. Het hoger onderwijs krijgt te maken met een veranderende vraag van studenten, het werkveld en de samenleving. Dit is van invloed op de rol en taken van docenten in het hoger onderwijs. Het is dan ook van belang dat docenten zich (blijven) professionaliseren om de onderwijsinnovaties die nodig zijn als gevolg van deze veranderingen bij te houden. Docenten kunnen op verschillende manieren ondersteund worden bij deze professionalisering. Teachers2Learn heeft diverse praktijkvoorbeelden in kaart gebracht van manieren waarop docenten in het hoger onderwijs werken aan hun professionalisering. Hierbij is gekeken naar in hoeverre er een verband is tussen de ondernomen professionaliseringsactiviteiten en onderwijsinnovatie. Het onderzoek heeft geleid tot een raamwerk waarin verschillende professionaliseringsinitiatieven worden gekenmerkt en van elkaar worden onderscheiden. Dit raamwerk kan helpen om te reflecteren op professionaliseringsactiviteiten en te bepalen waar multi- of interdisciplinaire samenwerking nodig is.
LINK
