Bespreking van onderzoek van Anton Akhmerov in ‘Waar wij trots op zijn. De ontdekkingen van 2011’ van de Universiteit Leiden Faculteit der Wiskunde & Natuurwetenschappen. De Leidse theoretisch natuurkundige Anton Akhmerov promoveerde in mei op een onderzoek naar functionele toepassingen van grafeen, een eenlaags koolstofmateriaal dat de afgelopen jaren volop in de belangstelling staat. Daarnaast werkte hij ook nog aan quantumcomputers, omdat hij tijd over had in zijn onderzoek.
Bespreking van onderzoek van Erik Danen in ‘Waar wij trots op zijn. De ontdekkingen van 2011’ van de Universiteit Leiden Faculteit der Wiskunde & Natuurwetenschappen. Celbioloog Erik Danen doet onderzoek naar de verwoestende – maar in evolutionaire termen ook wonderlijke – strategieën van de kankercel. Met welke trucs verspreiden kankercellen zich door het lichaam? Hoe overleven ze een aanval van een chemokuur? En hoe wrang is het dat de één procent cellen die de therapie overleeft vervolgens dubbelhard terugslaat.
Application of animal manure to soils results in the introduction of manure-derived bacteria and their antimicrobial resistance genes (ARGs) into soils. ResCap is a novel targeted-metagenomic approach that allows the detection of minority components of the resistome gene pool without the cost-prohibitive coverage depths and can provide a valuable tool to study the spread of antimicrobial resistance (AMR) in the environment. We used high-throughput sequencing and qPCR for 16S rRNA gene fragments as well as ResCap to explore the dynamics of bacteria, and ARGs introduced to soils and adjacent water ditches, both at community and individual scale, over a period of three weeks. The soil bacteriome and resistome showed strong resilience to the input of manure, as manuring did not impact the overall structure of the bacteriome, and its effects on the resistome were transient. Initially, manure application resulted in a substantial increase of ARGs in soils and adjacent waters, while not affecting the overall bacterial community composition. Still, specific families increased after manure application, either through the input of manure (e.g., Dysgonomonadaceae) or through enrichment after manuring (e.g., Pseudomonadaceae). Depending on the type of ARG, manure application resulted mostly in an increase (e.g., aph(6)-Id), but occasionally also in a decrease (e.g., dfrB3) of the absolute abundance of ARG clusters (FPKM/kg or L). This study shows that the structures of the bacteriome and resistome are shaped by different factors, where the bacterial community composition could not explain the changes in ARG diversity or abundances. Also, it highlights the potential of applying targeted metagenomic techniques, such as ResCap, to study the fate of AMR in the environment.
MULTIFILE
