What options are open for peoplecitizens, politicians, and other nonscientiststo become actively involved in and anticipate new directions in the life sciences? In addressing this question, this article focuses on the start of the Human Genome Project (1985-1990). By contrasting various models of democracy (liberal, republican, deliberative), I examine the democratic potential the models provide for citizens' involvement in setting priorities and funding patterns related to big science projects. To enhance the democratizing of big science projects and give citizens opportunities to reflect, anticipate, and negotiate on newdirections in science and technology at a global level, liberal democracy with its national scope and representative structure does not suffice. Although republican (communicative) and deliberative (associative) democracy models meet the need for greater citizen involvement, the ways to achieve the ideal at a global level still remain to be developed.
DOCUMENT
Small RNAs are important regulators of genome function, yet their prediction in genomes is still a major computational challenge. Statistical analyses of pre-miRNA sequences indicated that their 2D structure tends to have a minimal free energy (MFE) significantly lower than MFE values of equivalently randomized sequences with the same nucleotide composition, in contrast to other classes of non-coding RNA. The computation of many MFEs is, however, too intensive to allow for genome-wide screenings.
DOCUMENT
To obtain large-scale sequence alignments in a fast and flexible way is an important step in the analyses of next generation sequencing data. Applications based on the Smith-Waterman (SW) algorithm are often either not fast enough, limited to dedicated tasks or not sufficiently accurate due to statistical issues. Current SW implementations that run on graphics hardware do not report the alignment details necessary for further analysis.
DOCUMENT
Jaarlijks worden in Nederland ongeveer 600.000 mensen ziek door het eten van besmet voedsel. De voedselverwerkende industrie heeft sterke behoefte aan meer grip op het bewaken van de hygiëne in de fabrieken om te voorkomen dat besmette producten in de winkels komen. In het afgeronde RAAK-mkb project “Precision Food Safety” is onderzocht wat de meerwaarde is van de toepassing van Whole Genome Sequencing (WGS) bij het achterhalen van de transmissieroutes van de pathogene bacterie Listeria monocytogenes bij voedselverwerkende bedrijven. Er is een biobank opgebouwd met bijna 600 L. monocytogenes stammen afkomstig van de fabrieksomgeving en producten van vis-, vlees- en groente-verwerkende bedrijven. Deze stammen zijn gesequenced met behulp van Nanopore sequencing. Vervolgens is de verwantschap tussen de stammen bepaald met een in het project ontwikkelde bioinformatica pijplijn. Het project bleek zeer succesvol. In “Advanced Precision in Food Safety ” wordt het onderzoek naar voedselveiligheid verbreed, door L. monocytogenes al aan het begin van de voedselverwerkingsketen (in grondstoffen en ingrediënten) te monitoren. Verder zal de WGS-methodiek worden toegepast op Salmonella enterica en zal de huidige bioinformatica pijplijn worden aangepast om transmissieroutes van dit andere belangrijke voedselpathogeen te achterhalen. Ter verdieping zal het ziekteverwekkende karakter van L. monocytogenes stammen worden bepaald op basis van het serotype en de aanwezigheid van ~60 beschreven virulentiegenen. Daarbij worden gegevens uit verschillende databases, met sequence data van zowel humane als niet humane stammen, met elkaar vergeleken. Zowel in het laboratorium als in de fabrieksomgeving zal het effect van verschillende schoonmaakmiddelen en schoonmaaktechnieken worden onderzocht op het elimineren van L. monocytogenes van oppervlaktes. Tevens wordt onderzocht of shotgun metagenomics analyse kan worden ingezet om voedsel snel en breed op voedselpathogenen te monitoren. Een prototype van een webapplicatie, waarmee bedrijven verkregen resultaten kunnen inzien en aanvullen zal verder worden ontwikkeld en door voedselverwerkende bedrijven worden getest en geïmplementeerd.
Sleuteltechnologieën stellen ons in staat om steeds doelgerichter te handelen. Voedselveiligheid is een belangrijk gebied waar deze technologieën een rol kunnen spelen. Een voorbeeld is de inzet van nieuwe DNA‐technieken om de bron van een voedselinfectie op te sporen. Dat dit geen science fiction meer is bleek onlangs uit het achterhalen van de bron van een reeks ernstige besmettingen met de bacterie Listeria monocytogenes. Met behulp van Whole Genome Sequencing (WGS) kon de bron, een vleeswarenfabriek, worden achterhaald. Op dit moment wordt deze analysetechniek vooral ingezet door overheidsinstanties, maar het biedt ook perspectief voor de beheersing van de voedselveiligheid door de bedrijven zelf. Het doel van het Precision Food Safety project is om de voedselverwerkende industrie voor te bereiden op de uitdagingen en mogelijkheden van het gebruik van moderne DNA‐sequencing technologieën voor de monitoring en controle van de productiefaciliteiten op pathogene bacteriën. In het project zal de mogelijkheid van toepassing van WGS voor de detectie van pathogene bacteriën in de productieketen worden onderzocht. Hiervoor zal de MinION een mini DNAsequencer worden ingezet. Tijdige detectie en identificatie van pathogene bacteriën stelt bedrijven in staat tot sneller ingrijpen, waarmee kan worden voorkomen dat besmette producten in de winkelschappen terecht komen. Daarnaast zullen de effecten van hygiënische maatregelen worden onderzocht en een visualisatietool worden ontwikkeld waarmee de resultaten van het onderzoek van een productielocatie kunnen worden weergegeven. De focus zal liggen op Listeria monocytogenes, omdat deze bacterie momenteel gezien wordt als de grootste voedselveiligheidsuitdaging in deze tijd. De in het project ontwikkelde methoden moeten de voedingsindustrie tools in handen geven voor “precision food safety”. In het project participeren bedrijven uit verschillende sectoren van de voedselverwerkende industrie en bedrijven die diensten verlenen op het gebied van voedselveiligheid.
Precision Food Safety Sleuteltechnologieën stellen ons in staat om steeds doelgerichter te handelen. Voedselveiligheid is een belangrijk gebied waar deze technologieën een rol kunnen spelen. Een voorbeeld is de inzet van nieuwe DNA-technieken om de bron van een voedselinfectie op te sporen. Dat dit geen science fiction meer is bleek onlangs uit het achterhalen van de bron van een reeks ernstige besmettingen met de bacterie Listeria monocytogenes. Met behulp van Whole Genome Sequencing (WGS) kon de bron, een vleeswarenfabriek, worden achterhaald. Op dit moment wordt deze analysetechniek vooral ingezet door overheidsinstanties, maar het biedt ook perspectief voor de beheersing van de voedselveiligheid door de bedrijven zelf. Het doel van het Precision Food Safety project is om de voedselverwerkende industrie voor te bereiden op de uitdagingen en mogelijkheden van het gebruik van moderne DNA-sequencing technologieën voor de monitoring en controle van de productiefaciliteiten op pathogene bacteriën. In het project zal de mogelijkheid van toepassing van WGS voor de detectie van pathogene bacteriën in de productieketen worden onderzocht. Hiervoor zal de MinION een mini DNA-sequencer worden ingezet. Tijdige detectie en identificatie van pathogene bacteriën stelt bedrijven in staat tot sneller ingrijpen, waarmee kan worden voorkomen dat besmette producten in de winkelschappen terecht komen. Daarnaast zullen de effecten van hygiënische maatregelen worden onderzocht en een visualisatietool worden ontwikkeld waarmee de resultaten van het onderzoek van een productielocatie kunnen worden weergegeven. De focus zal liggen op Listeria monocytogenes, omdat deze bacterie momenteel gezien wordt als de grootste voedselveiligheidsuitdaging in deze tijd. De in het project ontwikkelde methoden moeten de voedingsindustrie tools in handen geven voor “precision food safety”. In het project participeren bedrijven uit verschillende sectoren van de voedselverwerkende industrie en bedrijven die diensten verlenen op het gebied van voedselveiligheid.
