Despite tremendous efforts, the exact structure of SARS-CoV-2 and related betacoronaviruses remains elusive. SARS-CoV-2 envelope is a key structural component of the virion that encapsulates viral RNA. It is composed of three structural proteins, spike, membrane (M), and envelope, which interact with each other and with the lipids acquired from the host membranes. Here, we developed and applied an integrative multi-scale computational approach to model the envelope structure of SARS-CoV-2 with near atomistic detail, focusing on studying the dynamic nature and molecular interactions of its most abundant, but largely understudied, M protein. The molecular dynamics simulations allowed us to test the envelope stability under different configurations and revealed that the M dimers agglomerated into large, filament-like, macromolecular assemblies with distinct molecular patterns. These results are in good agreement with current experimental data, demonstrating a generic and versatile approach to model the structure of a virus de novo.
DOCUMENT
This report presents the highlights of the 7th European Meeting on Molecular Diagnostics held in Scheveningen, The Hague, The Netherlands, 12-14 October 2011. The areas covered included molecular diagnostics applications in medical microbiology, virology, pathology, hemato-oncology,clinical genetics and forensics. Novel real-time amplification approaches, novel diagnostic applications and new technologies, such as next-generation sequencing, PCR lectrospray-ionization TOF mass spectrometry and techniques based on the detection of proteins or other molecules, were discussed. Furthermore, diagnostic companies presented their future visions for molecular diagnostics in human healthcare.
DOCUMENT
Summary: Xpaths is a collection of algorithms that allow for the prediction of compound-induced molecular mechanisms of action by integrating phenotypic endpoints of different species; and proposes follow-up tests for model organisms to validate these pathway predictions. The Xpaths algorithms are applied to predict developmental and reproductive toxicity (DART) and implemented into an in silico platform, called DARTpaths.
DOCUMENT
Longtumoren waaraan een ROS1 genherschikking ten grondslag ligt worden op dit moment behandeld met ROS1-specifieke tyrosine kinase remmers (TKIs). Hoewel TKI-therapie zeer succesvol is en weinig bijwerkingen geeft ten opzichte van chemotherapie, wordt uiteindelijk in alle patiënten ziekteprogressie waargenomen door therapie-resistentie van het tumorweefsel. Moleculaire veranderingen in de tumor liggen ten grondslag aan deze resistentie. Welk effect een specifieke mutatie heeft op de gevoeligheid van de tumor voor andere TKIs is grotendeels onbekend. In dit project zullen wij ROS1-tumorcelmodellen ontwikkelen met gerichte resistentie-mutaties tegen de TKIs Lorlatinib en Repotrectinib. Deze cellijnen zullen gebruikt worden om de effectiviteit van de klinische beschikbare TKIs te bestuderen. De kennis over de gevoeligheid van cellijnen met specifieke resistentiemutaties voor de beschikbare TKIs zal de diagnostiek rondom TKI-resistentie en de gepersonaliseerde behandeling van ROS1-positieve longkankerpatiënten verbeteren. Dit project is een samenwerking tussen de Hanzehogeschool, het Universitair Medisch Centrum Groningen en de nationale en internationale patiëntenorganisaties ‘Stichting Merels Wereld’ en de ‘ROS1ders’ respectievelijk. Het project is ingebed in de onderzoekslijn Bioactivity and Health binnen het Kenniscentrum Biobased Economy en het Instituut voor Life Science & Technology van de Hanzehogeschool en past uitstekend binnen de ambities van het kenniscentrum om zich op het Thema ‘(Positive) Health’ verder te ontwikkelen.
