We address the explicit ecocentric roots of conservation science and the support of a growing number of conservationists for ecocentric natural value. Although ecosystem‐services arguments may play an important role in stemming the biodiversity crisis, a true transformation of humanity's relationship with nature ought to be based in part on ecocentric valuation. Conservation scientists have played a leading role in initiating this transformation, and they ought to continue to do so. https://doi.org/10.1111/cobi.13067 LinkedIn: https://www.linkedin.com/in/helenkopnina/
MULTIFILE
ObjectivesTo investigate cartilage tissue turnover in response to a supervised 12-week exercise-related joint loading training program followed by a 6-month period of unsupervised training in patients with knee osteoarthritis (OA). To study the difference in cartilage tissue turnover between high- and low-resistance training.MethodPatients with knee OA were randomized into either high-intensity or low-intensity resistance supervised training (two sessions per week) for 3 months and unsupervised training for 6 months. Blood samples were collected before and after the supervised training period and after the follow-up period. Biomarkers huARGS, C2M, and PRO-C2, quantifying cartilage tissue turnover, were measured by ELISA. Changes in biomarker levels over time within and between groups were analyzed using linear mixed models with baseline values as covariates.ResultshuARGS and C2M levels increased after training and at follow-up in both low- and high-intensity exercise groups. No changes were found in PRO-C2. The huARGS level in the high-intensity resistance training group increased significantly compared to the low-intensity resistance training group after resistance training (p = 0.029) and at follow-up (p = 0.003).ConclusionCartilage tissue turnover and cartilage degradation appear to increase in response to a 3-month exercise-related joint loading training program and at 6-month follow-up, with no evident difference in type II collagen formation. Aggrecan remodeling increased more with high-intensity resistance training than with low-intensity exercise.These exploratory biomarker results, indicating more cartilage degeneration in the high-intensity group, in combination with no clinical outcome differences of the VIDEX study, may argue against high-intensity training.
DOCUMENT
BackgroundThe ROS1 G2032R mutation is the most common on-target resistance mutation in crizotinib treated ROS1-positive lung cancer patients. The aim of our study was to investigate resistance mechanisms in SCL34A2-ROS1G2032R positive Ba/F3 cells against second line treatment with lorlatinib.MethodsBa/F3 SLC34A2-ROS1G2032R cells were subjected to N-ethyl-N-nitrosourea (ENU) mutagenesis and clones were selected upon treatment with 1000 nM lorlatinib for 4 weeks. Resistant clones were analyzed for presence of on-target resistant mutations using Sanger sequencing. In addition, we generated subclones expressing SLC34A2-ROS1L2026M+G2032R and SLC34A2-ROS1L2026M in Ba/F3 cells. Sensitivity to ROS1 TKIs was determined by measuring cell viability and ROS1 phosphorylation. Molecular Dynamic simulations of the ATP binding pocket were performed for all ROS1 variants.ResultsThe ENU-screen of 41 lorlatinib resistant clones revealed one with a mutation in the kinase domain: L2026M. Cell viability assays of the ENU-induced resistant cell line and the Ba/F3 cells transfected with the mutant SCL34A2-ROS1 fusion gene constructs revealed a decreased sensitivity of SLC34A2-ROS1L2026M+G2032R cells for lorlatinib, crizotinib, entrectinib and repotrectinib compared to the single mutants. Consistent with these findings, we observed phosphorylation of ROS1 fusion protein in the double mutant cells which was not inhibited upon treatment with ROS1 TKIs. The single mutant cells showed as expected a clear reduction in phosphorylated ROS1 fusion protein . Molecular modeling to unravel the effect of the mutations demonstrated that the volume of the ATP-binding pocket was reduced in single and double mutants compared to wild type. The double L2026M+G2032R mutant displayed the smallest pocket.ConclusionsWe identified a novel on-target mutation after inducing lorlatinib resistance in SLC34A2-ROS1G2032R Ba/F3 cells. This SLC34A2-ROS1L2026M+G2032R cell line was also resistant to crizotinib, entrectinib and repotrectinib. The resistance can be explained by a smaller ATP binding pocket in the mutated ROS1 fusion protein preventing effective binding of the investigated TKIs.
DOCUMENT
“Authentieke Vanille uit de kas” richt zich op het ontwikkelen van producten en praktische richtlijnen voor glastelers voor een hogere opbrengst van in de kas geteelde Vanillepeulen uit gezonde planten met meer Vanille en een authentieke geur en smaak. Het hiervoor benodigde onderzoek staat onder leiding van het lectoraat Biodiversiteit en Generade, het Center of Expertise Genomics van Hogeschool Leiden. In het project participeren kennisinstellingen, MKB-bedrijven uit de tuinbouw en bedrijven met expertise in chemie, bodemverbetering en genomics. Het project bestaat uit vier deelonderzoeken: 1. Het bestuivingsonderzoek richt zich op ontwikkeling van een instrument voor optimale overdracht van pollen in Vanillebloemen. 2. Een inventarisatie van het microbioom in Vanilleplanten en -peulen in het wild uit het regenwoud in Costa Rica, plantages op Reunion en Nederlandse kassen zal meer inzicht geven in de correlatie tussen de samenstelling van deze microben en het Vanillegehalte van de peulen en hun lokale geur en smaak. De inventarisatie zal gedaan worden met Next Generation DNA metabarcoding van markers ontwikkeld voor schimmels en bacterieen. 3. Daarnaast richt het onderzoek zich op de fermentatie van de Vanillepeul. Er zal worden onderzocht welke combinatie van microben leidt tot productie van een zo hoog mogelijk gehalte aan precursors van Vanille in groene peulen en een authentieke geur en smaak. Dit wordt gedaan met een combinatie van experimenteel teeltonderzoek en chemische analyses. 4. Momenteel wordt aantasting door schimmels en virussen in de kas met de hand verwijderd. Deze behandeling is kostbaar maar voor biologische teelt de enige optie. Een vierde pijler van het onderzoek zal daarom gericht zijn op de verbetering van het substraat. Met behulp van experimenteel onderzoek zal worden nagegaan welke mix aan microben in het substraat nodig is voor bescherming tegen aantasting door kwaadaardige schimmels.
Gefermenteerde voedingsproducten zoals desembrood, kefir en kombucha worden de laatste jaren steeds populairder. Bedrijven die deze producten produceren moeten opschalen en hebben daardoor meer behoefte aan grip op het productieproces, zodat er een constante kwaliteit van het eindproduct kan worden geboden. De fermentatieproducten worden bereid met behulp van een complexe samenleving van micro-organismen. Deze complexiteit maakt het lastig om het fermentatieproces te monitoren en zo bijvoorbeeld effecten van grondstoffen en fermentatieomstandigheden te onderzoeken. Omics-technieken stellen ons in staat om het complexe fermentatieproces goed in kaart te brengen. Een goed voorbeeld hiervan is het monitoren van de microbiële samenstelling (fermentobioom) gedurende het fermentatieproces m.b.v. metagenomics; nanopore sequencing en de ontwikkeling van geavanceerde bio-informatica methoden geven dieper inzicht in de samenstelling en potentiële functionaliteit van het fermentobioom. Klassieke kweektechnieken (culturomics) benadrukken de aanwezigheid van de geprofileerde micro-organismen en geven informatie over specifieke kweekomstandigheden en functies. Metabolomics bevestigen niet alleen de voorspelde eigenschappen van de gevonden micro-organismen, maar bepalen de aanwezigheid van o.a. smaakbepalende componenten als suikers, vetzuren, organische zuren, phenolen en aminozuren. Hiermee zijn ze een waardevolle aanvulling op de metagenomics-resultaten. Een pilotstudie bij het Leiden Centre for Applied Bioscience waarbij Nanopore sequencing en metabolomics zijn ingezet voor onderzoeken naar de microbiële samenstelling tijdens de fermentatie van kombucha leverde al bruikbare resultaten op. In dit RAAK-mkb-project willen we bovengenoemde technieken verder toepassen en integreren om het complexe fermentatieproces van kefir, kombucha en desem te analyseren en deze verkregen kennis toegankelijk maken voor bedrijven die complexe fermentatieproducten produceren. In dit project zijn producenten van verschillende complexe fermentatie producten actief betrokken en er wordt samengewerkt met kennisinstellingen en kenniscentra, zoals de Universiteit Leiden, GrainLabs en Broodheeren. Dit onderzoek zal resulteren in de ontwikkeling van de onderzoekslijn Fermentobiomics.
Hogeschool Leiden en Naturalis zetten in op een gezamenlijk lectoraat met het thema Metagenomics, een methode waarbij het DNA/RNA wordt gebruikt om te bepalen welke (micro-) organismen aanwezig zijn in een biologisch systeem. Metagenomics kent vele toepassingen en is daarmee een belangrijke lifescience sleuteltechnologie. Voor het lectoraat zullen de ontwikkeling van (nieuwe) methoden voor bemonstering, monstervoorbereiding en DNA sequencing centraal staan. De relatie tussen biodiversiteit en gezondheid (van mens, dier, plant) zal een belangrijk inhoudelijk thema zijn, dit sluit aan op de innovatieopgaven/missies: landbouw, water en voedsel en gezondheid en zorg. Het lectoraat wordt onderdeel van het Leiden Centre for Applied Bioscience (LCAB)1. Metagenomics speelt een belangrijke rol in verschillende reeds lopende projecten en sluit prima aan bij de overige -omics technologieën die worden toegepast bij het praktijkgericht onderzoek van het LCAB. Het beoogde lectoraat heeft een belangrijke brugfunctie naar de andere lectoraten binnen het LCAB en de vakgroep Bioinformatica. Het versterken van de impact van het onderzoek op het onderwijs een belangrijke doelstelling. Voor Naturalis is de ontwikkeling en toepassing van nieuwe inventarisatie- en onderzoeksmethoden gericht op soortherkenning een belangrijk speerpunt. Dit omvat moleculaire technieken, waaronder genetische identificatie en eDNA-metabarcoding, maar ook geautomatiseerde beeld- en geluidsherkenning (door toepassing van kunstmatige intelligentie). Via het metagenomics lectoraat zullen praktijktoepassingen voor deze methoden ontwikkeld worden. Er is grote belangstelling voor de toepassing van Metagenomics bij een scala aan bedrijven en publieke instellingen. Het lectoraat zal uitgaan van bestaande netwerken van beide instituten en deze verder uitbreiden. Belangrijke bestaande kennispartners zijn het biotechnologiebedrijf BaseClear, Universiteit Leiden en het Leids Universitair Medisch Centrum. De infrastructuur van het LCAB en de onderzoekslaboratoria van Naturalis bieden goede mogelijkheden voor facility sharing voor zowel het onderzoek als voor het onderwijs. De ligging van deze organisaties in elkaars directe nabijheid is daarbij een positieve factor.