Rioolwaterzuiveringen zijn de belangrijkste bron van geneesmiddelen en kunstmatige zoetstoffen in oppervlaktewater. De mate waarin rwzi’s deze organische microverontreinigingen verwijderen, lijkt te variëren van locatie tot locatie en/of in de tijd. Oriënterend onderzoek bij zeven rwzi’s in Groningen en Drenthe toonde aan dat de verwijdering van de zoetstof acesulfaam erg varieerde. Om het verschil in de biologische verwijderingscapaciteit voor acesulfaam en geneesmiddelen te kunnen verklaren, bieden nieuwe DNA-technieken wellicht uitkomst. Met Next Generation Sequencing (NGS) komen verschillen tussen bacteriepopulaties aan het licht die mogelijk verschillen in verwijdering van geneesmiddelen en zoetstoffen kunnen verklaren.
MULTIFILE
Common cloning is often associated with instability of certain classes of DNA. Here we report on IS1 transposition as possible source of such instability. During the cloning of Arabidopsis thaliana gene into commercially available vector maintained in widely used Escherichia coli host the insertion of complete IS1 element into the intron of cloned gene was found. The transposition of the IS1 element was remarkably rapid and is likely to be sequence-specific. The use of E. coli strains that lower the copy number of vector or avoiding the presence of the problematic sequence is a solution to the inadvertent transposition of IS1. The transposition of IS1 is rare but it can occur and might confound functional studies of a plant gene.
DOCUMENT
Five methods were compared to determine the best technique for accurate identification of coagulase-negative staphylococci (CoNS) (n=142 strains). MALDI-TOF MS showed the best results for rapid and accurate CoNS differentiation (correct identity in 99.3%). An alternative to this approach could be Vitek2 combined with partial tuf gene sequencing.
DOCUMENT
Sleuteltechnologieën stellen ons in staat om steeds doelgerichter te handelen. Voedselveiligheid is een belangrijk gebied waar deze technologieën een rol kunnen spelen. Een voorbeeld is de inzet van nieuwe DNA‐technieken om de bron van een voedselinfectie op te sporen. Dat dit geen science fiction meer is bleek onlangs uit het achterhalen van de bron van een reeks ernstige besmettingen met de bacterie Listeria monocytogenes. Met behulp van Whole Genome Sequencing (WGS) kon de bron, een vleeswarenfabriek, worden achterhaald. Op dit moment wordt deze analysetechniek vooral ingezet door overheidsinstanties, maar het biedt ook perspectief voor de beheersing van de voedselveiligheid door de bedrijven zelf. Het doel van het Precision Food Safety project is om de voedselverwerkende industrie voor te bereiden op de uitdagingen en mogelijkheden van het gebruik van moderne DNA‐sequencing technologieën voor de monitoring en controle van de productiefaciliteiten op pathogene bacteriën. In het project zal de mogelijkheid van toepassing van WGS voor de detectie van pathogene bacteriën in de productieketen worden onderzocht. Hiervoor zal de MinION een mini DNAsequencer worden ingezet. Tijdige detectie en identificatie van pathogene bacteriën stelt bedrijven in staat tot sneller ingrijpen, waarmee kan worden voorkomen dat besmette producten in de winkelschappen terecht komen. Daarnaast zullen de effecten van hygiënische maatregelen worden onderzocht en een visualisatietool worden ontwikkeld waarmee de resultaten van het onderzoek van een productielocatie kunnen worden weergegeven. De focus zal liggen op Listeria monocytogenes, omdat deze bacterie momenteel gezien wordt als de grootste voedselveiligheidsuitdaging in deze tijd. De in het project ontwikkelde methoden moeten de voedingsindustrie tools in handen geven voor “precision food safety”. In het project participeren bedrijven uit verschillende sectoren van de voedselverwerkende industrie en bedrijven die diensten verlenen op het gebied van voedselveiligheid.
Precision Food Safety Sleuteltechnologieën stellen ons in staat om steeds doelgerichter te handelen. Voedselveiligheid is een belangrijk gebied waar deze technologieën een rol kunnen spelen. Een voorbeeld is de inzet van nieuwe DNA-technieken om de bron van een voedselinfectie op te sporen. Dat dit geen science fiction meer is bleek onlangs uit het achterhalen van de bron van een reeks ernstige besmettingen met de bacterie Listeria monocytogenes. Met behulp van Whole Genome Sequencing (WGS) kon de bron, een vleeswarenfabriek, worden achterhaald. Op dit moment wordt deze analysetechniek vooral ingezet door overheidsinstanties, maar het biedt ook perspectief voor de beheersing van de voedselveiligheid door de bedrijven zelf. Het doel van het Precision Food Safety project is om de voedselverwerkende industrie voor te bereiden op de uitdagingen en mogelijkheden van het gebruik van moderne DNA-sequencing technologieën voor de monitoring en controle van de productiefaciliteiten op pathogene bacteriën. In het project zal de mogelijkheid van toepassing van WGS voor de detectie van pathogene bacteriën in de productieketen worden onderzocht. Hiervoor zal de MinION een mini DNA-sequencer worden ingezet. Tijdige detectie en identificatie van pathogene bacteriën stelt bedrijven in staat tot sneller ingrijpen, waarmee kan worden voorkomen dat besmette producten in de winkelschappen terecht komen. Daarnaast zullen de effecten van hygiënische maatregelen worden onderzocht en een visualisatietool worden ontwikkeld waarmee de resultaten van het onderzoek van een productielocatie kunnen worden weergegeven. De focus zal liggen op Listeria monocytogenes, omdat deze bacterie momenteel gezien wordt als de grootste voedselveiligheidsuitdaging in deze tijd. De in het project ontwikkelde methoden moeten de voedingsindustrie tools in handen geven voor “precision food safety”. In het project participeren bedrijven uit verschillende sectoren van de voedselverwerkende industrie en bedrijven die diensten verlenen op het gebied van voedselveiligheid.
