The “as eaten” method to measure the Total Dietary Fibre content and an in vitro fermentation with colon bacteria were successfully coupled to see if fibre fractions have a prebiotic effect. Similar growth pattern for modified starch, FOS and GOS were observed (Fig A). The qPCR results indicate a significant stimulation of the growth of gut bacteria by FOS and GOS and in lesser extent by the modified starch (Fig.C). Future experiments will compare the qPCR data with metagenomic analysis of in vitro and in vivo experiments.
Dit betreft een verkennend onderzoek, met als doel een eerste indruk te geven van hoe doorwerking bij praktijkgericht onderzoek eruit kan zien en hoe het tot stand komt. Het onderzoek is uitgevoerd in opdracht van, en gefinancierd door, Regieorgaan SIA met het uitdrukkelijke doel dat het regieorgaan zelf ook kan leren van het onderzoek en input krijgt voor onder andere de ontwikkeling van de rapportagesystematiek.
Inulin is a soluble dietary fibre, also classified as a prebiotic, extracted from chicory roots. The present study aimed to determine the effect of consumption of native chicory inulin on the stool frequency of middle-aged to older adults (40–75 years old) with uncomfortably but not clinically relevant low stool frequency, specified as two to four days without bowel movements per week. Two randomised, double blind, placebo-controlled crossover trials were conducted using similar protocols in differing populations. Trial A was conducted in Amsterdam, The Netherlands and subsequently Trial B was conducted in Newcastle, United Kingdom. Both trials involved supplementation for 5 weeks with 10 g per day of inulin or placebo, a washout period of 2 weeks, and then crossed over to receive the other treatment. In Trial B, faecal gut microbiota composition was assessed using 16S rRNA gene sequencing. In Trial A, which 10 volunteers completed, the stool frequency was significantly increased to an average 4.9 ± 0.23 (SEM) times per week during inulin periods versus 3.6 ± 0.25 in the periods with placebo (p = 0.01). In contrast, in Trial B which 20 volunteers completed, there was no significant effect of the inulin on stool frequency (7.5 ± 2.1 times per week with inulin, 8.1 ± 3.0 with placebo, p = 0.35). However, many subjects in Trial B had a stool frequency >5 per week also for the placebo period, in breach of the inclusion criteria. Combining the data of 16 low stool frequency subjects from Trials A and B showed a significant effect of inulin to increase stool frequency from 4.1 to 5.0 per week (p = 0.032). Regarding secondary outcomes, stool consistency was significantly softer with inulin treatment compared to placebo periods, it increased 0.29 on the Bristol stool scale (p = 0.008) when data from all subjects of Trials A and B were combined. No other differences in bowel habit parameters due to inulin consumption were significant. None of the differences in specific bacterial abundance, alpha or beta diversity were significant, however the trends were in directions consistent with published studies on other types of inulin. We conclude that 10 g per day of native chicory inulin can increase stool frequency in subjects with low stool frequency.
MULTIFILE
Jaarlijks worden in Nederland ongeveer 600.000 mensen ziek door het eten van besmet voedsel. De voedselverwerkende industrie heeft sterke behoefte aan meer grip op het bewaken van de hygiëne in de fabrieken om te voorkomen dat besmette producten in de winkels komen. In het afgeronde RAAK-mkb project “Precision Food Safety” is onderzocht wat de meerwaarde is van de toepassing van Whole Genome Sequencing (WGS) bij het achterhalen van de transmissieroutes van de pathogene bacterie Listeria monocytogenes bij voedselverwerkende bedrijven. Er is een biobank opgebouwd met bijna 600 L. monocytogenes stammen afkomstig van de fabrieksomgeving en producten van vis-, vlees- en groente-verwerkende bedrijven. Deze stammen zijn gesequenced met behulp van Nanopore sequencing. Vervolgens is de verwantschap tussen de stammen bepaald met een in het project ontwikkelde bioinformatica pijplijn. Het project bleek zeer succesvol. In “Advanced Precision in Food Safety ” wordt het onderzoek naar voedselveiligheid verbreed, door L. monocytogenes al aan het begin van de voedselverwerkingsketen (in grondstoffen en ingrediënten) te monitoren. Verder zal de WGS-methodiek worden toegepast op Salmonella enterica en zal de huidige bioinformatica pijplijn worden aangepast om transmissieroutes van dit andere belangrijke voedselpathogeen te achterhalen. Ter verdieping zal het ziekteverwekkende karakter van L. monocytogenes stammen worden bepaald op basis van het serotype en de aanwezigheid van ~60 beschreven virulentiegenen. Daarbij worden gegevens uit verschillende databases, met sequence data van zowel humane als niet humane stammen, met elkaar vergeleken. Zowel in het laboratorium als in de fabrieksomgeving zal het effect van verschillende schoonmaakmiddelen en schoonmaaktechnieken worden onderzocht op het elimineren van L. monocytogenes van oppervlaktes. Tevens wordt onderzocht of shotgun metagenomics analyse kan worden ingezet om voedsel snel en breed op voedselpathogenen te monitoren. Een prototype van een webapplicatie, waarmee bedrijven verkregen resultaten kunnen inzien en aanvullen zal verder worden ontwikkeld en door voedselverwerkende bedrijven worden getest en geïmplementeerd.
De roep om verduurzaming in de bollensector is groot. De sector streeft ernaar om in 2030 minder afhankelijk te zijn van (chemische) gewasbeschermingsmiddelen. Alternatieve methoden en technieken zullen in de komende jaren ontwikkeld en onderzocht moeten worden. Een voorbeeld daarvan is de inzet van biostimulanten. Biostimulanten kunnen microbiële, niet microbiële stoffen of combinaties van beide bevatten. De werking van deze producten kan zich zowel op de bodem als de plant richten. Dit gebeurt door het gebruik van nutriënten door de plant efficiënter te maken en de beschikbaarheid van nutriënten in de bodem te vergroten. In voorgaande projecten zijn methoden ontwikkeld waarmee met behulp van de inzet van DNA-technologie aan de ene kant ziektedruk in kaart gebracht kan worden en aan de andere kant de effecten van teeltmaatregelen op de bodembiodiversiteit. In het project “Biostimulanten van bol tot in de bodem uitgezocht” gaan we deze methoden combineren om het effect van biostimulanten meetbaar te maken. We richten ons specifiek op de tulpenteelt waarbij we ons aansluiten bij lopende praktijkproeven en pilots. De doelstelling van dit project is het ontwikkelen van bodemweerbaarheids- en gezondheidsindexen op basis van de metagenomics analyse van de bol en de bodem. We willen nagaan in hoeverre meetgegevens kunnen dienen als basis voor adviezen over de toepassing van biostimulanten bij de teelt van tulpen. In het project wordt de samenwerking aangegaan met partijen die elkaar aanvullen op het gebied van innovaties in de bollensector. In de eerste plaats worden de eindgebruikers (tulpentelers) actief betrokken bij het project. Daarnaast wordt samengewerkt met bedrijven die producten en adviezen leveren ter verbetering van de weerbaarheid van bol en bodem. Kennisinstellingen zorgen voor aanvulling van de aanwezige expertise. Het consortium heeft een groot netwerk waardoor de kennis en innovaties die uit het project voortkomen breed gedeeld kunnen worden met de sector.
De bollenteelt staat voor een enorme uitdaging, de sector moet overgaan van een chemisch gestuurde teelt naar een duurzame, meer natuurlijke teelt. De bodem is van cruciaal belang voor de productie van een vitaal en weerbaar gewas. Een geschikte bodem voor de tulp of elk ander gewas vereist precisie microbiologie voor het verkrijgen van de juiste op het gewas afgestemde microbiologische flora van de bodem, de zgn. bodemmicrobiota. Dit vereist maatregelen zoals de input van (micro) organismen met antagonistische werking tegen ziekten en plagen, het toevoegen van groeibevorderaars zoals mycorrhiza en andere grondverbeterings- en grondbewerkingsmethoden. Om het effect van deze maatregelen te kunnen monitoren zal een “metagenomics” platform worden ontwikkeld waarmee de bodem (micro)biologie zo volledig mogelijk taxonomisch en functioneel in kaart kan worden gebracht. Dit geeft de mogelijkheid om bodemkwaliteitsindicatoren en natuurlijke gewasbeschermingsmiddelen te ontwikkelen voor het optimaal geschikt maken van de bodem voor de teelt van tulpen. De doelstelling van dit project is het verkennen van de opties om een adviessysteem te ontwikkelen op basis van de metagenomics analyse van de bodem. We willen nagaan in hoeverre meetgegevens kunnen dienen als basis voor adviezen over het in stand houden/verbeteren van de functionele bodembiodiversiteit en vaststellen wat de praktische bruikbaarheid is van de uitkomsten bij routinematig bodemonderzoek. In het project wordt de samenwerking aangegaan met verschillende partijen. In de eerste plaats worden de eindgebruikers (tulpentelers) actief betrokken bij het project. Daarnaast wordt samengewerkt met bedrijven die producten en adviezen leveren ter verbetering van de bodem. Kennisinstellingen (Naturalis en Universiteit Leiden) zorgen voor aanvulling van de aanwezige expertise. Overige organisaties zoals KAVB, Greenport Duin- en Bollenstreek en IGH BV) zijn betrokken om de kennis die het project oplevert breed te kunnen delen.
