To accelerate differentiation between Staphylococcus aureus and Coagulase Negative Staphylococci (CNS), this study aimed to compare six different DNA extraction methods from 2 commonly used blood culture materials, i.e. BACTEC and Bact/ALERT. Furthermore, we analyzed the effect of reduced blood culture times for detection of Staphylococci directly from blood culture material. A real-time PCR duplex assay was used to compare 6 different DNA isolation protocols on two different blood culture systems. Negative blood culture material was spiked with MRSA. Bacterial DNA was isolated with: automated extractor EasyMAG (3 protocols), automated extractor MagNA Pure LC (LC Microbiology Kit MGrade), a manual kit MolYsis Plus, and a combination between MolYsis Plus and the EasyMAG. The most optimal isolation method was used to evaluate reduced bacterial culture times. Bacterial DNA isolation with the MolYsis Plus kit in combination with the specific B protocol on the EasyMAG resulted in the most sensitive detection of S.aureus, with a detection limit of 10 CFU/ml, in Bact/ALERT material, whereas using BACTEC resulted in a detection limit of 100 CFU/ml. An initial S.aureus load of 1 CFU/ml blood can be detected after 5 hours of culture in Bact/ALERT3D by combining the sensitive isolation method and the tuf LightCycler assay.
Understanding the factors that may impact the transfer, persistence, prevalence and recovery of DNA (DNA-TPPR), and the availability of data to assign probabilities to DNA quantities and profile types being obtained given particular scenarios and circumstances, is paramount when performing, and giving guidance on, evaluations of DNA findings given activity level propositions (activity level evaluations). In late 2018 and early 2019, three major reviews were published on aspects of DNA-TPPR, with each advocating the need for further research and other actions to support the conduct of DNA-related activity level evaluations. Here, we look at how challenges are being met, primarily by providing a synopsis of DNA-TPPR-related articles published since the conduct of these reviews and briefly exploring some of the actions taken by industry stakeholders towards addressing identified gaps. Much has been carried out in recent years, and efforts continue, to meet the challenges to continually improve the capacity of forensic experts to provide the guidance sought by the judiciary with respect to the transfer of DNA.
Background & Aim:Technological innovations enable rapid DNA analysis implementation possibilities. Concordantly, rapid DNA devices are being used in practice. However, the effects of implementing rapid DNA technologies in the crime scene investigation procedure have only been evaluated to a limited extent.In this study, the rapid DNA procedure at the crime scene was compared with a regular DNA procedure. We investigated the DNA-results of the RapidHIT200 on blood and saliva traces secured at the crime scene, and the impact of these rapid DNA profile results on the investigative process & DNA Hits.
Due to the existing pressure for a more rational use of the water, many public managers and industries have to re-think/adapt their processes towards a more circular approach. Such pressure is even more critical in the Rio Doce region, Minas Gerais, due to the large environmental accident occurred in 2015. Cenibra (pulp mill) is an example of such industries due to the fact that it is situated in the river basin and that it has a water demanding process. The current proposal is meant as an academic and engineering study to propose possible solutions to decrease the total water consumption of the mill and, thus, decrease the total stress on the Rio Doce basin. The work will be divided in three working packages, namely: (i) evaluation (modelling) of the mill process and water balance (ii) application and operation of a pilot scale wastewater treatment plant (iii) analysis of the impacts caused by the improvement of the process. The second work package will also be conducted (in parallel) with a lab scale setup in The Netherlands to allow fast adjustments and broaden evaluation of the setup/process performance. The actions will focus on reducing the mill total water consumption in 20%.
“Authentieke Vanille uit de kas” richt zich op het ontwikkelen van producten en praktische richtlijnen voor glastelers voor een hogere opbrengst van in de kas geteelde Vanillepeulen uit gezonde planten met meer Vanille en een authentieke geur en smaak. Het hiervoor benodigde onderzoek staat onder leiding van het lectoraat Biodiversiteit en Generade, het Center of Expertise Genomics van Hogeschool Leiden. In het project participeren kennisinstellingen, MKB-bedrijven uit de tuinbouw en bedrijven met expertise in chemie, bodemverbetering en genomics. Het project bestaat uit vier deelonderzoeken: 1. Het bestuivingsonderzoek richt zich op ontwikkeling van een instrument voor optimale overdracht van pollen in Vanillebloemen. 2. Een inventarisatie van het microbioom in Vanilleplanten en -peulen in het wild uit het regenwoud in Costa Rica, plantages op Reunion en Nederlandse kassen zal meer inzicht geven in de correlatie tussen de samenstelling van deze microben en het Vanillegehalte van de peulen en hun lokale geur en smaak. De inventarisatie zal gedaan worden met Next Generation DNA metabarcoding van markers ontwikkeld voor schimmels en bacterieen. 3. Daarnaast richt het onderzoek zich op de fermentatie van de Vanillepeul. Er zal worden onderzocht welke combinatie van microben leidt tot productie van een zo hoog mogelijk gehalte aan precursors van Vanille in groene peulen en een authentieke geur en smaak. Dit wordt gedaan met een combinatie van experimenteel teeltonderzoek en chemische analyses. 4. Momenteel wordt aantasting door schimmels en virussen in de kas met de hand verwijderd. Deze behandeling is kostbaar maar voor biologische teelt de enige optie. Een vierde pijler van het onderzoek zal daarom gericht zijn op de verbetering van het substraat. Met behulp van experimenteel onderzoek zal worden nagegaan welke mix aan microben in het substraat nodig is voor bescherming tegen aantasting door kwaadaardige schimmels.
De recente toename in het aantal bedwantsen in de Westerse wereld leidt ertoe dat steeds meer mensen in contact komen met deze insecten. Vroege detectie is cruciaal voor een snelle bestrijding. Dit is echter lastig door de cryptische leefwijze van de bedwants, en vereist vaak destructieve maatregelen. In dit project onderzoeken HAS Hogeschool en BioMon of het haalbaar is om een bedwantsdetectiekit te ontwikkelen waarmee de aanwezigheid van bedwants DNA in ruimten bepaald kan worden door het nemen van een swab of stofzuigersample. Bovendien wordt onderzocht hoe dit product en deze dienst efficiënt op de markt gezet kan worden.
