Standard SARS-CoV-2 testing protocols using nasopharyngeal/throat (NP/T) swabs are invasive and require trained medical staff for reliable sampling. In addition, it has been shown that PCR is more sensitive as compared to antigen-based tests. Here we describe the analytical and clinical evaluation of our in-house RNA extraction-free saliva-based molecular assay for the detection of SARS-CoV-2. Analytical sensitivity of the test was equal to the sensitivity obtained in other Dutch diagnostic laboratories that process NP/T swabs. In this study, 955 individuals participated and provided NP/T swabs for routine molecular analysis (with RNA extraction) and saliva for comparison. Our RT-qPCR resulted in a sensitivity of 82,86% and a specificity of 98,94% compared to the gold standard. A false-negative ratio of 1,9% was found. The SARS-CoV-2 detection workflow described here enables easy, economical, and reliable saliva processing, useful for repeated testing of individuals.
LINK
Lichamelijke zwakte is een belangrijk onderdeel van kwetsbaarheid en komt veel voor bij oudere volwassenen. Terwijl vrouwen een hogere prevalentie en een eerder begin van kwetsbaarheid kennen zijn sekseverschillen in de ontwikkeling van lichamelijke zwakte nauwelijks bestudeerd. Daarom hebben we in spieren de veranderingen onderzocht die onderscheid maken tussen fitte en zwakke ouderen voor elk geslacht afzonderlijk. Mannen (n = 28) en vrouwen (n = 26) van 75 jaar en ouder werden gegroepeerd op basis van hun fysieke prestatiecriteria. Er werd gebruik gemaakt van spierbiopten genomen uit de vastus lateralis-spier voor genexpressie- en histologisch onderzoek. Er werden paarsgewijze vergelijkingen gemaakt tussen de sterkste en de zwakste groepen voor elk geslacht afzonderlijk, en potentiële geslachts-specifieke effecten werden beoordeeld. Zwakke vrouwen toonden een hogere expressie van ontstekingsroutes, infiltratie van NOX2-immuuncellen, samen met een hogere VCAM1-expressie. Zwakke mannen werden gekenmerkt door een kleinere diameter van type 2 (snelle) spiervezels en lagere expressie van PRKN. Zwakte-geassocieerde genexpressie-veranderingen in de spieren waren verschillend van veroudering-geassocieerde genexpressie-veranderingen, wat erop wijst dat de pathofysiologie van fysieke zwakte niet noodzakelijkerwijs afhankelijk is van veroudering. We concluderen dat zwakte-geassocieerde veranderingen in de spieren sekse-specifiek zijn. Aanbevolen wordt om bij onderzoek naar kwetsbaarheid rekening te houden met sekseverschillen, omdat deze verschillen een grote impact kunnen hebben over de ontwikkeling van (farmaceutische) interventies tegen kwetsbaarheid.
MULTIFILE
Background: Lung fibroblasts are implicated in abnormal tissue repair in chronic obstructive pulmonary disease (COPD). The exact mechanisms are unknown and comprehensive analysis comparing COPD- and control fibroblasts is lacking. Aim: To gain insight in the role of lung fibroblasts in COPD pathology using unbiased proteomic and transcriptomic analysis. Methods: Protein and RNA was isolated from cultured parenchymal lung fibroblasts of 17 stage IV COPD patients and 16 non-COPD controls. Proteins were analyzed using LC-MS/MS and RNA through RNA sequencing. Differential protein and gene expression in COPD was assessed via linear regression, followed by pathway enrichment, correlation analysis and immunohistological staining in lung tissue. Proteomic and transcriptomic data was compared to investigate the overlap and correlation between both levels of data. Results: We identified 40 differentially expressed (DE) proteins and zero DE genes between COPD and control fibroblasts. The most significant DE proteins were HNRNPA2B1 and FHL1. Thirteen of the 40 proteins were previously associated with COPD, including FHL1 and GSTP1. Six of the 40 proteins were related to telomere maintenance pathways, and were positively correlated with the senescence marker LMNB1. No significant correlation between gene and protein expression was observed for the 40 proteins. Conclusions: The 40 DE proteins in COPD fibroblasts include previously described COPD proteins (FHL1, GSTP1) and new COPD research targets like HNRNPA2B1. Lack of overlap and correlation between gene and protein data supports the use of unbiased proteomics analysis and indicates that different types of information are generated with both methods.
DOCUMENT
In tijden van toenemende culturele diversiteit en arbeidsonzekerheid hebben jongeren in Nederlandse en Duitse stadswijken grote behoefte aan richting met betrekking tot hun toekomstige leven. Ouders en leraren lijken zelf vaak te worden overweldigd door de snel veranderende wereld waarin ze leven. Naast deze veranderingen neemt het gebruik van sociale media sterk toe, waardoor de al bestaande generatiekloof nog groter wordt. Deze ontwikkelingen hebben grote gevolgen voor de levensloopperspectieven van jongeren en leiden er vaak toe dat ze meer dan ooit richting zoeken bij hun leeftijdgenoten. In plaats van dit te zien als een problematische situatie, is dit project erop gericht de netwerken van jongeren te gebruiken als bron voor verbetering van de stadswijken. Het basisidee is jonge adolescenten (in de leeftijd van 12-14 jaar) te empoweren via bepaalde leeftijdgenoten die al gerespecteerd, verantwoordelijk en stabiel in het leven staan. Deze ‘homies’ (vier Nederlandse en vier Duitse jongeren) worden getraind en begeleid door experts op het gebied van oplossingsgericht denken en inspirerende communicatie. Daarna gaan de homies aan de slag in hun eigen wijk, waar ze drie maanden actief zullen zijn. De meeste communicatie met hun leeftijdgenoten zal verlopen via mobiele communicatie en sociale medianetwerken. In het begeleidende onderzoek wordt een analyse gemaakt van de leefsituatie van jongeren in de geselecteerde wijken voor en na de tussenkomst van de homies. De homies houden zelf een (mobiel) dagboek bij dat inzicht zal bieden in hoe zij zelf de veranderingen bij de jongeren in hun wijk zien.
Mensen die moeite hebben met lezen en schrijven (laaggeletterden) zijn ondervertegenwoordigd in onderzoek, waardoor een belangrijke onderzoekspopulatie ontbreekt. Dit is een probleem, omdat zorgbeleid dan onvoldoende op hun behoeften wordt aangepast. Laaggeletterden hebben vaak een lage sociaal economische positie (SEP). Mensen met een lage SEP leven gemiddeld 4 jaar korter en 15 jaar in minder goed ervaren gezondheid vergeleken met mensen met een hoge SEP. Om laaggeletterden te betrekken in onderzoek, is het o.a. nodig om onderzoek toegankelijker te maken. Dit project draagt hieraan bij door de ontwikkeling van een toolbox voor toegankelijke (proefpersonen)informatie (pif) en toestemmingsverklaringen. We ontwikkelen in co-creatie met de doelgroep toegankelijke audiovisuele materialen die breed ingezet kunnen worden door (gezondheids)onderzoekers van (zorggerelateerde) instanties/bedrijven én kennisinstellingen voor de werving voor en informatieverstrekking over onderzoek. In de multidisciplinaire samenwerking met onze partners YURR.studio, Pharos, Stichting ABC, Stichting Crowdience, de HAN-Sterkplaats en de Academische Werkplaats Sterker op eigen benen (AW-SOEB) van Radboudumc stellen we de behoeften van de doelgroep centraal. Middels creatieve sessies en gebruikerservaringen wordt in een iteratief ontwerpende onderzoeksaanpak toegewerkt naar diverse ontwerpen van informatiebrieven en toestemmingsverklaringen, waarbij de visuele communicatie dragend is. Het ontwikkelproces biedt kennisontwikkeling en hands-on praktijkvoorbeelden voor designers en grafisch vormgevers in het toegankelijk maken van informatie. Als laaggeletterden beter bereikt worden d.m.v. de pif-toolbox, kunnen de inzichten van deze groep worden meegenomen. Dit zorgt voor een minder scheef beeld in onderzoek, waardoor (gezondheids)beleid zich beter kan richten op kwetsbare doelgroepen. Hiermee wordt een bijdrage geleverd aan het verkleinen van gezondheidsverschillen.
Uit cijfers van het CBS zien we dat de vraag naar biologische producten achterblijft. De meerprijs die consumenten moeten neerleggen voor biologische productalternatieven blijkt een belangrijke belemmering te zijn voor de overstap naar biologisch. Hoe kunnen we deze gepercipieerde prijsbarrière bij de consument overkomen?
