To accelerate differentiation between Staphylococcus aureus and Coagulase Negative Staphylococci (CNS), this study aimed to compare six different DNA extraction methods from 2 commonly used blood culture materials, i.e. BACTEC and Bact/ALERT. Furthermore, we analyzed the effect of reduced blood culture times for detection of Staphylococci directly from blood culture material. A real-time PCR duplex assay was used to compare 6 different DNA isolation protocols on two different blood culture systems. Negative blood culture material was spiked with MRSA. Bacterial DNA was isolated with: automated extractor EasyMAG (3 protocols), automated extractor MagNA Pure LC (LC Microbiology Kit MGrade), a manual kit MolYsis Plus, and a combination between MolYsis Plus and the EasyMAG. The most optimal isolation method was used to evaluate reduced bacterial culture times. Bacterial DNA isolation with the MolYsis Plus kit in combination with the specific B protocol on the EasyMAG resulted in the most sensitive detection of S.aureus, with a detection limit of 10 CFU/ml, in Bact/ALERT material, whereas using BACTEC resulted in a detection limit of 100 CFU/ml. An initial S.aureus load of 1 CFU/ml blood can be detected after 5 hours of culture in Bact/ALERT3D by combining the sensitive isolation method and the tuf LightCycler assay.
Vanuit de professionals in de strafrechtketen is er een grote behoefte aan snelle en betrouwbare DNA-analyses die buiten de laboratoria op of nabij een plaats delict kunnen worden uitgevoerd. Een sneller opsporingsproces draagt bij aan een betere aanpak van criminaliteit. Met nieuwe forensische DNA-technieken kunnen snel analyseresultaten worden gegenereerd die de opsporing verder kunnen helpen. Het is echter een complexe uitdaging om deze technieken daadwerkelijk in te zetten in de huidige opsporingspraktijk. Hoe werkt deze techniek, wanneer kan de techniek wel of juist niet worden ingezet, wat zijn de kosten en de baten, en welke resultaten kunnen ermee worden behaald? Bij het starten van een DNA-onderzoek op locatie spelen allerlei kwaliteitseisen en juridische waarborgen waarmee DNA-onderzoek is omgeven. Ook gaat het gebruik van deze techniek gepaard met nieuwe taken, rollen en verantwoordelijkheden van de professionals die betrokken zijn bij het proces van opsporing en vervolging, en met een nieuwe wijze van samenwerking tussen ketenpartners. In dit project is een nieuwe werkwijze – de LocalDNA-procedure – ontwikkeld en getoetst. Deze procedure is gericht op het effectief gebruik van een snelle mobiele DNA-analyse techniek door forensische rechercheurs en een snelle informatiestroom tussen de ketenpartners van de politie, het Nederlands Forensisch Instituut en het Openbaar Ministerie. Uit het onderzoek is gebleken dat de LocalDNA-procedure kan worden ingezet binnen een beperkt aantal zaken en voornamelijk geschikt is voor bloedsporen. Wanneer de procedure kan worden ingezet is deze belovend. Het DNA-onderzoek leidt relatief vaak tot een bruikbaar DNA-profiel waarmee verder kan worden gerechercheerd. Gemiddeld zorgt de inzet van de LocalDNA-procedure voor een grote versnelling in het algehele opsporingsproces bij zaken die hebben geleid tot snelle identificatie en opsporing van verdachten. Naast de belovende resultaten laat het onderzoek ook zien dat de procedure nog niet geschikt is voor onmiddellijke inzet in de praktijk. Belangrijke knelpunten zijn onder andere dat de gebruikte DNA- analyseapparatuur momenteel nog niet los van een aanvullende kwaliteitscontrole kan worden uitgevoerd, dat het (beslissings-) ondersteunend systeem voor het selecteren van zaken en sporen nog verder moet worden ontwikkeld en de opvolging van een snel resultaat verdere uitwerkt moet worden. Ten behoeve van implementatie in de praktijk heeft het onderzoek mogelijkheden inzichtelijk gemaakt waarmee geconstateerde knelpunten kunnen worden ondervangen en aspecten waarmee rekening moet worden gehouden bij het ontwikkelen van de toekomstige procedure en de mogelijke inrichting hiervan. Onder andere zal aanvullend onderzocht moeten worden of andere apparatuur en bemonsteringsmethoden betere resultaten opleveren, of scherpere keuzes gemaakt moeten worden ten aanzien van de sporen die voor snelle DNAprocedure in aanmerking komen, hoe de ondersteuningstool verder geoptimaliseerd en geïmplementeerd kan worden en wat de invloed is als de LocalDNA-procedure niet op een vaste locatie maar op de plaats delict zelf wordt ingezet.Nader onderzoek en opvolging van de aanbevelingen die zijn voortgevloeid uit dit onderzoek zullen inzichtelijker maken hoe een snelle DNA-onderzoeksroute en een snelle informatieoverdracht tussen ketenpartners optimaal kan worden ingezet voor het versnellen van de opsporingspraktijk.
Background & Aim:Technological innovations enable rapid DNA analysis implementation possibilities. Concordantly, rapid DNA devices are being used in practice. However, the effects of implementing rapid DNA technologies in the crime scene investigation procedure have only been evaluated to a limited extent.In this study, the rapid DNA procedure at the crime scene was compared with a regular DNA procedure. We investigated the DNA-results of the RapidHIT200 on blood and saliva traces secured at the crime scene, and the impact of these rapid DNA profile results on the investigative process & DNA Hits.
Due to the existing pressure for a more rational use of the water, many public managers and industries have to re-think/adapt their processes towards a more circular approach. Such pressure is even more critical in the Rio Doce region, Minas Gerais, due to the large environmental accident occurred in 2015. Cenibra (pulp mill) is an example of such industries due to the fact that it is situated in the river basin and that it has a water demanding process. The current proposal is meant as an academic and engineering study to propose possible solutions to decrease the total water consumption of the mill and, thus, decrease the total stress on the Rio Doce basin. The work will be divided in three working packages, namely: (i) evaluation (modelling) of the mill process and water balance (ii) application and operation of a pilot scale wastewater treatment plant (iii) analysis of the impacts caused by the improvement of the process. The second work package will also be conducted (in parallel) with a lab scale setup in The Netherlands to allow fast adjustments and broaden evaluation of the setup/process performance. The actions will focus on reducing the mill total water consumption in 20%.
“Authentieke Vanille uit de kas” richt zich op het ontwikkelen van producten en praktische richtlijnen voor glastelers voor een hogere opbrengst van in de kas geteelde Vanillepeulen uit gezonde planten met meer Vanille en een authentieke geur en smaak. Het hiervoor benodigde onderzoek staat onder leiding van het lectoraat Biodiversiteit en Generade, het Center of Expertise Genomics van Hogeschool Leiden. In het project participeren kennisinstellingen, MKB-bedrijven uit de tuinbouw en bedrijven met expertise in chemie, bodemverbetering en genomics. Het project bestaat uit vier deelonderzoeken: 1. Het bestuivingsonderzoek richt zich op ontwikkeling van een instrument voor optimale overdracht van pollen in Vanillebloemen. 2. Een inventarisatie van het microbioom in Vanilleplanten en -peulen in het wild uit het regenwoud in Costa Rica, plantages op Reunion en Nederlandse kassen zal meer inzicht geven in de correlatie tussen de samenstelling van deze microben en het Vanillegehalte van de peulen en hun lokale geur en smaak. De inventarisatie zal gedaan worden met Next Generation DNA metabarcoding van markers ontwikkeld voor schimmels en bacterieen. 3. Daarnaast richt het onderzoek zich op de fermentatie van de Vanillepeul. Er zal worden onderzocht welke combinatie van microben leidt tot productie van een zo hoog mogelijk gehalte aan precursors van Vanille in groene peulen en een authentieke geur en smaak. Dit wordt gedaan met een combinatie van experimenteel teeltonderzoek en chemische analyses. 4. Momenteel wordt aantasting door schimmels en virussen in de kas met de hand verwijderd. Deze behandeling is kostbaar maar voor biologische teelt de enige optie. Een vierde pijler van het onderzoek zal daarom gericht zijn op de verbetering van het substraat. Met behulp van experimenteel onderzoek zal worden nagegaan welke mix aan microben in het substraat nodig is voor bescherming tegen aantasting door kwaadaardige schimmels.
De recente toename in het aantal bedwantsen in de Westerse wereld leidt ertoe dat steeds meer mensen in contact komen met deze insecten. Vroege detectie is cruciaal voor een snelle bestrijding. Dit is echter lastig door de cryptische leefwijze van de bedwants, en vereist vaak destructieve maatregelen. In dit project onderzoeken HAS Hogeschool en BioMon of het haalbaar is om een bedwantsdetectiekit te ontwikkelen waarmee de aanwezigheid van bedwants DNA in ruimten bepaald kan worden door het nemen van een swab of stofzuigersample. Bovendien wordt onderzocht hoe dit product en deze dienst efficiënt op de markt gezet kan worden.
