The analysis of regulatory regions in genome sequences is strongly based on the detection of potential transcription factor binding sites. The preferred models for representation of transcription factor binding specificity have been termed position-specific scoring matrices. JASPAR is an open-access database of annotated, high-quality, matrix-based transcription factor binding site profiles for multicellular eukaryotes. The profiles were derived exclusively from sets of nucleotide sequences experimentally demonstrated to bind transcription factors. The database is complemented by a web interface for browsing, searching and subset selection, an online sequence analysis utility and a suite of programming tools for genome-wide and comparative genomic analysis of regulatory regions. JASPAR is available at http://jaspar. cgb.ki.se.
DOCUMENT
Social media zijn momenteel het gesprek van de dag. In slechts enkele jaren tijd hebben social media sites als YouTube, Facebook en LinkedIn een miljoenenpubliek aan zich gebonden. En het aantal consumenten en bedrijven dat gebruik maakt van deze online platformen groeit nog steeds sterk. Hoewel er dagelijks nieuwe cijfers verschijnen over het gebruik van social media is er vooralsnog weinig bekend over de adoptie van social media door bedrijven. Middels dit boek willen de onderzoekers van het lectoraat Online Ondernemen van de Hogeschool van Amsterdam een bijdrage leveren aan het opvullen van deze kennisleemte door het social media gebruik binnen de detailhandel in Nederland in kaart te brengen. Het boek bevat de resultaten van een onderzoek naar gebruik van de social media sites Hyves, Facebook, LinkedIn, YouTube, weblogs, Twitter en fora door (web)winkels en consumenten in Nederland. Welke social media sites worden veel en welke weinig gebruikt door (web)winkels en consumenten in Nederland? Wat zijn de kenmerken van de (web)winkels en consumenten die voorop lopen en achterblijven in het gebruik van social media platformen? In hoeverre zijn Nederlanders geïnteresseerd in het volgen van commerciële bedrijven via social media? Hoeveel volgers hebben (web)winkels op Hyves, Facebook, LinkedIn, YouTube en Twitter? Op deze en andere vragen over het gebruik van social media in de detailhandel in Nederland wordt in dit boek antwoord gegeven.
DOCUMENT
Background: G-protein coupled receptors (GPCRs) are involved in many different physiological processes and their function can be modulated by small molecules which bind in the transmembrane (TM) domain. Because of their structural and sequence conservation, the TM domains are often used in bioinformatics approaches to first create a multiple sequence alignment (MSA) and subsequently identify ligand binding positions. So far methods have been developed to predict the common ligand binding residue positions for class A GPCRs.Results: Here we present 1) ss-TEA, a method to identify specific ligand binding residue positions for any receptor, predicated on high quality sequence information. 2) The largest MSA of class A non olfactory GPCRs in the public domain consisting of 13324 sequences covering most of the species homologues of the human set of GPCRs. A set of ligand binding residue positions extracted from literature of 10 different receptors shows that our method has the best ligand binding residue prediction for 9 of these 10 receptors compared to another state-of-the-art method.Conclusions: The combination of the large multi species alignment and the newly introduced residue selection method ss-TEA can be used to rapidly identify subfamily specific ligand binding residues. This approach can aid the design of site directed mutagenesis experiments, explain receptor function and improve modelling. The method is also available online via GPCRDB at http://www.gpcr.org/7tm/. © 2011 Sanders et al; licensee BioMed Central Ltd.
DOCUMENT
Beweegrichtlijnen geven aan hoeveel beweging nodig is voor een goede gezondheid van jong tot oud. Voor een gezonde leefstijl van kinderen zijn bewegen, samen spelen, samen leren en samen werken van groot belang, maar dat geldt ook voor ouderen. Picoo brengt het belang van bewegen en samenzijn bij elkaar. Dat zorgt voor een goede ontwikkeling van het kind, het welzijn van ouderen en het verstevigen van het bewegen en samenzijn in de maatschappij. Project: Actief Plezier met Picoo: Jong en Oud in Beweging! Vraag: Draagt Picoo bij aan meer beweging en verbinding tussen kinderen en ouderen door samen te bewegen? Doel: Het inzetten van Picoo leidt tot meer samen beweging, waardoor welzijn van ouderen en ontwikkeling van het kind en meer beweging wordt vergroot. Methode: Mixed method observatieonderzoek /survey/kort gesprek Kinderen tot 18 jaar en senioren 65 plus met een zorgvraag T0: kinderen en ouderen krijgen uitleg over het gebruik van Picoo Interventie: Picoo is een controller en spelcomputer ineen, ontwikkeld om kinderen (maar ook volwassen) interactief buiten te laten spelen.6 Tijdens de actieve games heeft elke deelnemer een eigen controller. De controllers staan met elkaar in verbinding. T1 Tijdens het spel wordt d.m.v. een observatielijst gekeken hoe jong en oud reageren op het samen spelen met Picoo. T2 Na het spel geven kinderen en ouderen door middel van Visual Analogue Scale (smileys) wat hun ervaringen zijn. T3 Na het spel gaan kinderen en ouderen kort met elkaar in gesprek over hun ervaringen Uitvoering: Interdisciplinaire mix van studenten Verpleegkunde, Fysiotherapie, Mens en Techniek en Social Work Eindproduct: Nieuwe testcase en input voor doorontwikkeling Picoo richting verbinding jong en oud. Kennis over mogelijkheden/ervaringen over verbinding door beweging wordt gedissemineerd naar de praktijk en onderwijs. Resultaten worden gerapporteerd en gepubliceerd op relevante sites zoals bijvoorbeeld kenniscentrum sport en bewegen, zorginstellingen en scholen.
Als lectorenplatform “EnergieVoorziening in Evenwicht” stellen wij ons de missie om onderzoek te doen naar wat nodig is om bij de energievoorziening in 2030 evenwicht tussen vraag en aanbod van energie op alle tijdschalen te bewaken. Wij kiezen hierbij nadrukkelijk voor alle vormen van energie en beperken ons dus niet alleen tot elektrische energie. Bij tijdschalen denken wij aan de tijdschaal van dag tot maand.
“De fabriek van de toekomst bevindt zich in een gepersonaliseerde, klantcentrische wereld”, aldus de Roadmap Smart Industry van de de Top Sector High Tech Systems & Materials1. Om als Nederlands bedrijfsleven ten volle de mogelijkheden te benutten die ICT biedt, is het noodzakelijk de verbinding te leggen naar wat klanten voelen, denken en willen. Op het moment dat het relevant is, niet alleen vooraf of achteraf. In 2016 heeft een aantal organisaties, bedrijven en onderzoeksinstellingen zich verenigd in een consortium dat als doel heeft om de interactie met klanten te verbeteren door tijdig en adequaat in te spelen op de behoefte van de klant. Realtime inzicht in hoe individuen hun interactie met organisaties beleven maakt het mogelijk betekenisvolle diensten te ontwerpen die in toon, inhoud en presentatie passen bij de actuele behoefte van de klant in kwestie. Dit inzicht kan steeds beter verkregen worden uit digitale data die ontstaan tijdens de interactie. Te denken valt hierbij aan de uitwisseling van emails, het bezoeken van websites of het gebruiken van mobile apps. De toename van data en nieuwe technologieën biedt mogelijkheden om zowel de kwaliteit van product en dienstverlening te verhogen als het belang van de klant te waarborgen. Hierbij is maatschappelijk verantwoorde omgang met data voor alle betrokkenen essentieel. Dit betekent niet alleen respect voor privacy maar ook transparantie en begrijpelijke presentatie van gegevens, bijvoorbeeld door visualisatie. Methoden en technieken om op een verantwoorde manier meer inzicht te krijgen in hoe personen de interactie met organisaties beleven en welke factoren daarbij bepalend zijn, bieden de industrie kansen om hun doelgroepen veel meer te betrekken en laten participeren, zowel voor, tijdens als na de levering van producten en diensten. Voor het verkrijgen van een betrouwbaar en volledig beeld vanuit het perspectief van de klant zijn verschillende analysetechnieken, zoals text mining, process mining en sentiment mining voorhanden. Elk van deze technieken geeft echter slechts een deel van het hele verhaal en het ontbreekt aan methoden en tools om ze te integreren. Daardoor blijft ook kennis gefragmenteerd en is snel en effectief interveniëren lastig. Alleen door analysetechnieken te combineren is het mogelijk een compleet beeld te krijgen. In het project Verantwoorde Belevingsgeoriënteerde Interactie op basis van Data-analyse, kortweg VERBIND, wordt een framework ontwikkeld dat de integratie van verschillende data-analysetechnieken, vanuit een maatschappelijk verantwoorde houding, mogelijk maakt. Uniek aan het project is het multidisciplinaire karakter met deelname van uiteenlopende markt- en onderzoekspartijen.
