The analysis of regulatory regions in genome sequences is strongly based on the detection of potential transcription factor binding sites. The preferred models for representation of transcription factor binding specificity have been termed position-specific scoring matrices. JASPAR is an open-access database of annotated, high-quality, matrix-based transcription factor binding site profiles for multicellular eukaryotes. The profiles were derived exclusively from sets of nucleotide sequences experimentally demonstrated to bind transcription factors. The database is complemented by a web interface for browsing, searching and subset selection, an online sequence analysis utility and a suite of programming tools for genome-wide and comparative genomic analysis of regulatory regions. JASPAR is available at http://jaspar. cgb.ki.se.
DOCUMENT
Background: G-protein coupled receptors (GPCRs) are involved in many different physiological processes and their function can be modulated by small molecules which bind in the transmembrane (TM) domain. Because of their structural and sequence conservation, the TM domains are often used in bioinformatics approaches to first create a multiple sequence alignment (MSA) and subsequently identify ligand binding positions. So far methods have been developed to predict the common ligand binding residue positions for class A GPCRs.Results: Here we present 1) ss-TEA, a method to identify specific ligand binding residue positions for any receptor, predicated on high quality sequence information. 2) The largest MSA of class A non olfactory GPCRs in the public domain consisting of 13324 sequences covering most of the species homologues of the human set of GPCRs. A set of ligand binding residue positions extracted from literature of 10 different receptors shows that our method has the best ligand binding residue prediction for 9 of these 10 receptors compared to another state-of-the-art method.Conclusions: The combination of the large multi species alignment and the newly introduced residue selection method ss-TEA can be used to rapidly identify subfamily specific ligand binding residues. This approach can aid the design of site directed mutagenesis experiments, explain receptor function and improve modelling. The method is also available online via GPCRDB at http://www.gpcr.org/7tm/. © 2011 Sanders et al; licensee BioMed Central Ltd.
DOCUMENT
Virtual communities are online spaces with potential of integration of (member-generated) content and conversations [7,8]. In our research project we are interested in the adoption and building of virtual communities in organized sports, that is to say in the voluntary sports clubs (VSCs) in the Netherlands. Since these VSCs have massively transferred their communication with members from paper club magazines to online channels, these virtual communities arise from the use of a growing number of websites, e-mail and social network sites (SNSs). Although virtual communities are broadly investigated, such as social communities, brand communities, and public communities, there is little scholarly interest in virtual communities of member organizations that VSCs are an example of. The study that is to be presented at SECSI 2019 concerns the clubs’ use of SNSs (ClubSNSs), such as Facebook and Twitter, within the virtual communities. These SNSs are increasingly used by the VSCs to facilitate organizational communication and to obtain a good internal climate [9]. However, academic understanding of the impact of ClubSNSs’ content and conversations on the organizational performance of the VSC is in its infancy. In our study, we examined this impact of ClubSNSs use on the involvement among members and whether we can explain this by members’ identification with the club. Furthermore, we have tried to categorize ClubSNSs by content types, such as informative, conversational or sociable ClubSNSs, and their role in stimulating the use of ClubSNSs. In this way we attempted to gain insight into the effect of types of ClubSNSs’ content and conversations on membership involvement and the mediating role of identification with the club. This insight can help VSCs to develop effective ClubSNS channels that contribute to organizational goals such as supportive and loyal membership.
MULTIFILE
Beweegrichtlijnen geven aan hoeveel beweging nodig is voor een goede gezondheid van jong tot oud. Voor een gezonde leefstijl van kinderen zijn bewegen, samen spelen, samen leren en samen werken van groot belang, maar dat geldt ook voor ouderen. Picoo brengt het belang van bewegen en samenzijn bij elkaar. Dat zorgt voor een goede ontwikkeling van het kind, het welzijn van ouderen en het verstevigen van het bewegen en samenzijn in de maatschappij. Project: Actief Plezier met Picoo: Jong en Oud in Beweging! Vraag: Draagt Picoo bij aan meer beweging en verbinding tussen kinderen en ouderen door samen te bewegen? Doel: Het inzetten van Picoo leidt tot meer samen beweging, waardoor welzijn van ouderen en ontwikkeling van het kind en meer beweging wordt vergroot. Methode: Mixed method observatieonderzoek /survey/kort gesprek Kinderen tot 18 jaar en senioren 65 plus met een zorgvraag T0: kinderen en ouderen krijgen uitleg over het gebruik van Picoo Interventie: Picoo is een controller en spelcomputer ineen, ontwikkeld om kinderen (maar ook volwassen) interactief buiten te laten spelen.6 Tijdens de actieve games heeft elke deelnemer een eigen controller. De controllers staan met elkaar in verbinding. T1 Tijdens het spel wordt d.m.v. een observatielijst gekeken hoe jong en oud reageren op het samen spelen met Picoo. T2 Na het spel geven kinderen en ouderen door middel van Visual Analogue Scale (smileys) wat hun ervaringen zijn. T3 Na het spel gaan kinderen en ouderen kort met elkaar in gesprek over hun ervaringen Uitvoering: Interdisciplinaire mix van studenten Verpleegkunde, Fysiotherapie, Mens en Techniek en Social Work Eindproduct: Nieuwe testcase en input voor doorontwikkeling Picoo richting verbinding jong en oud. Kennis over mogelijkheden/ervaringen over verbinding door beweging wordt gedissemineerd naar de praktijk en onderwijs. Resultaten worden gerapporteerd en gepubliceerd op relevante sites zoals bijvoorbeeld kenniscentrum sport en bewegen, zorginstellingen en scholen.
Als lectorenplatform “EnergieVoorziening in Evenwicht” stellen wij ons de missie om onderzoek te doen naar wat nodig is om bij de energievoorziening in 2030 evenwicht tussen vraag en aanbod van energie op alle tijdschalen te bewaken. Wij kiezen hierbij nadrukkelijk voor alle vormen van energie en beperken ons dus niet alleen tot elektrische energie. Bij tijdschalen denken wij aan de tijdschaal van dag tot maand.
“De fabriek van de toekomst bevindt zich in een gepersonaliseerde, klantcentrische wereld”, aldus de Roadmap Smart Industry van de de Top Sector High Tech Systems & Materials1. Om als Nederlands bedrijfsleven ten volle de mogelijkheden te benutten die ICT biedt, is het noodzakelijk de verbinding te leggen naar wat klanten voelen, denken en willen. Op het moment dat het relevant is, niet alleen vooraf of achteraf. In 2016 heeft een aantal organisaties, bedrijven en onderzoeksinstellingen zich verenigd in een consortium dat als doel heeft om de interactie met klanten te verbeteren door tijdig en adequaat in te spelen op de behoefte van de klant. Realtime inzicht in hoe individuen hun interactie met organisaties beleven maakt het mogelijk betekenisvolle diensten te ontwerpen die in toon, inhoud en presentatie passen bij de actuele behoefte van de klant in kwestie. Dit inzicht kan steeds beter verkregen worden uit digitale data die ontstaan tijdens de interactie. Te denken valt hierbij aan de uitwisseling van emails, het bezoeken van websites of het gebruiken van mobile apps. De toename van data en nieuwe technologieën biedt mogelijkheden om zowel de kwaliteit van product en dienstverlening te verhogen als het belang van de klant te waarborgen. Hierbij is maatschappelijk verantwoorde omgang met data voor alle betrokkenen essentieel. Dit betekent niet alleen respect voor privacy maar ook transparantie en begrijpelijke presentatie van gegevens, bijvoorbeeld door visualisatie. Methoden en technieken om op een verantwoorde manier meer inzicht te krijgen in hoe personen de interactie met organisaties beleven en welke factoren daarbij bepalend zijn, bieden de industrie kansen om hun doelgroepen veel meer te betrekken en laten participeren, zowel voor, tijdens als na de levering van producten en diensten. Voor het verkrijgen van een betrouwbaar en volledig beeld vanuit het perspectief van de klant zijn verschillende analysetechnieken, zoals text mining, process mining en sentiment mining voorhanden. Elk van deze technieken geeft echter slechts een deel van het hele verhaal en het ontbreekt aan methoden en tools om ze te integreren. Daardoor blijft ook kennis gefragmenteerd en is snel en effectief interveniëren lastig. Alleen door analysetechnieken te combineren is het mogelijk een compleet beeld te krijgen. In het project Verantwoorde Belevingsgeoriënteerde Interactie op basis van Data-analyse, kortweg VERBIND, wordt een framework ontwikkeld dat de integratie van verschillende data-analysetechnieken, vanuit een maatschappelijk verantwoorde houding, mogelijk maakt. Uniek aan het project is het multidisciplinaire karakter met deelname van uiteenlopende markt- en onderzoekspartijen.
