Small RNAs are important regulators of genome function, yet their prediction in genomes is still a major computational challenge. Statistical analyses of pre-miRNA sequences indicated that their 2D structure tends to have a minimal free energy (MFE) significantly lower than MFE values of equivalently randomized sequences with the same nucleotide composition, in contrast to other classes of non-coding RNA. The computation of many MFEs is, however, too intensive to allow for genome-wide screenings.
In the field of ‘renewable energy resources’ formation of biogas Biomass and biogas: potentials, efficiencies and flexibility is an important option. Biogas can be produced from biomass in a multistep process called anaerobic digestion (AD) and is usually performed in large digesters. Anaerobic digestion of biomass is mediated by various groups of microorganisms, which live in complex community structures. However, there is still limited knowledge on the relationships between the type of biomass and operational process parameters. This relates to the changes within the microbial community structure and the resulting overall biogas production efficiency. Opening this microbial black box could lead to an better understanding of on-going microbial processes, resulting in higher biogas yields and overall process efficiencies.
Biomimicry fascineert. En wel op een manier die totaal verschillend en veel sterker is dan andere gebieden van onderzoek en ontwikkeling. Dit komt ondermeer tot uiting in het aantal publicaties en artikelen in wetenschappelijke en semiwetenschappelijke uitgaven, die vrijwel altijd gepaard gaan met prachtige afbeeldingen. Ook neemt het aanbod van documentaires op televisie en radio met biomimicry als onderwerp toe. En last but not least: biomimicry blijkt een sterke aantrekkingskracht op (beginnende) studenten te hebben, daar waar technische opleidingen niet altijd even populair zijn. Ook in Nederland is er in toenemende mate interesse voor biomimicry oftewel voor innovatie geïnspireerd op de natuur. Op dit moment is er vooral veel interesse vanuit (product)ontwerp gerelateerde bedrijfstakken, onderwijsinstellingen, de architectuur en de bouwwereld. Maar er is ook een groeiende interesse waar te nemen vanuit de management en (bedrijfs-)economische hoek. Dit blijkt onder andere uit de groeiende stroom van artikelen en publicaties al dan niet voorzien van prachtige afbeeldingen van natuurlijke organismen. Deze uitgave geeft een beeld van wat biomimicry nou eigenlijk is en welke rol biomimicry kan vervullen bij productontwikkeling. Met behulp van veel voorbeelden uit de (ontwerp)praktijk laten we zien wat de mogelijkheden en toepassingen van biomimicry voor professionele productontwikkeling zijn. Dit is een uitgave van het Innovatief Materialen Platform Twente (IMPT). Het IMPT is een project dat mede mogelijk is gemaakt door de Provincie Overijssel en de Regio Twente. De partners zijn Saxion Kenniscentrum Design en Technologie (penvoerder), Industrial Design Centre, en biomimicryNL en er wordt intensief samengewerkt met het regionale bedrijfsleven. Het Innovatief Materialen Platform Twente (IMPT) verzamelt en distribueert kennis over nieuwe, innovatieve materialen en biedt de mogelijkheid om producten te ontwikkelen met die innovatieve materialen. De insteek is om de eigenschappen van een materiaal enerzijds, te verbinden met een vraag of toepassing uit de markt anderzijds. De ambitie is om ‘open minds’ bij bedrijven te bereiken door de kennis over de bruikbaarheid van de nieuwe (materiaal)mogelijkheden voor het MKB te vergroten. Dit moet leiden tot ontwerpcases waarin productontwerpers, materiaaldeskundigen en MKB-ers samenwerken aan innovaties. Het boekje ‘Biomimicry; biologie als ontwerp- en innovatietool’ heeft als doel om ontwerpers te inspireren biomimicry in het ontwerpproces in te zetten als innovatietool. Dit boekje laat heel goed zien hoe samenwerking kan leiden tot nieuwe inzichten in ontwerpprocessen. Het is geschreven onder verantwoordelijkheid van biomimicryNL onder meer gebruikmakend van de input en ervaringen opgedaan in het kader van het IMPT-project.
MULTIFILE
Aanleiding: De belangstelling voor gezonde en veilige voeding is groot. Bij de gezondheidseffecten van voeding spelen de darmen een cruciale rol. Verschillende soorten bedrijven hebben behoefte aan natuurgetrouwe testmodellen om de effecten van voeding op de darmen te bestuderen. Ze zijn vooral op zoek naar modellen waarvan de uitkomsten direct vertaalbaar zijn naar het doelorganisme (de mens of bijvoorbeeld het varken) en die niet gebruikmaken van kostbare en maatschappelijke beladen dierproeven. Doelstelling Het project 2-REAL-GUTS heeft als doel om twee innovatieve dierproefvrije darmmodellen geschikt te maken voor onderzoek naar voedingsconcepten en -ingrediënten. De twee darmmodellen die worden toegepast zijn darmorganoïden, minidarmorgaantjes bestaande uit stamcellen, en darmexplants bestaande uit hele stukjes darm verkregen uit relevante organismen. Beide modellen hebben potentieel heel uitgebreide toepassingsmogelijkheden en hebben ook grote voordelen ten opzichte van de huidige veelgebruikte cellijnen, omdat ze meerdere in de darm aanwezige celtypen bevatten en uit verschillende specifieke darmregio's te verkrijgen zijn. Gezamenlijk gaan de partners werken aan: 1) het aanpassen van de kweekomstandigheden zodat darmmodellen geschikt worden om de vragen van partners te beantwoorden; 2) het vaststellen van de toepassingsmogelijkheden van de darmmodellen door verschillende stoffen en producten te testen. Beoogde resultaten Kennisconferenties, publicaties en exploitatie van de modellen zullen zorgen voor het verspreiden van de opgedane kennis. Omdat het project gebruikmaakt van moderne, op de toekomst gerichte laboratoriumtechnieken (kweekmethoden met stamcellen en vitaal weefsel, moleculaire analyses en microscopie), leent het zich uitstekend om geïmplementeerd te worden in het hbo-onderwijs. Als spin-off zal het project dan ook voorzien in een specifieke, voor Nederland unieke hbo-minor op het gebied van stamcel- en aanverwante technologie (zoals organ-on-a-chiptechnologie).
Nederland is een waterland. Schoon oppervlaktewater is belangrijk voor de natuur, landbouw en voedsel‐ en drinkwaterproductie en het is daarom zeer belangrijk om verstoringen ervan goed te kunnen meten en begrijpen. Hoe eerder een verstoring van het aquatisch ecosysteem gemeten kan worden, hoe beter de mogelijkheden zijn voor waterbeheerders om het effect ervan te beperken door maatregelen te nemen. In dit project combineert het lectoraat Metabolomics van Hogeschool Leiden eMetabolomics en eDNA, zodat we ‘moleculaire foto’s’ van het onderwaterleven kunnen maken die een schat aan informatie bevatten. Met behulp van deze informatie kunnen we 1) de effecten van verstoringen eerder opsporen 2) de verstoringen beter begrijpen 3) aanknopingspunten identificeren om de verstoringen tegen te gaan. Hiertoe hebben we een consortium samengesteld waarin kennis op het wetenschappelijk gebied van analytische chemie, milieukunde, ecologie en biodiversiteit, bedrijven die actief zijn in deze werkvelden en potentiele eindgebruikers zijn samengebracht. Aan de hand van twee relevante casussen zullen wij eMetabolomics en eDNA technieken ontwikkelen en toepassen. De eerste casus is een relevante biologische verstoring door een invasieve exoot: de rode Amerikaanse rivierkreeft (Procambarus clarkii). De tweede casus een relevante chemische verstoring door het veel gebruikte insecticide thiacloprid. Het onderzoek zal gebruik maken van de laatste nieuwe technieken op het gebied van eMetabolomics en eDNA. Met deze technieken zullen rivierkreeften in detail worden onderzocht in, onder andere, aquaria. Daarnaast zal een belangrijk deel van het onderzoek plaatsvinden in het Levend Lab, een unieke proefopstelling van het Centrum voor Milieukunde van Universiteit Leiden dat bestaat uit 36 slootjes waarin de invloed van thiacloprid op het aquatisch ecosysteem zal worden onderzocht. De samenstelling van het consortium, de state‐of‐the‐art technologie die wordt toegepast én de setting waarin het onderzoek wordt uitgevoerd maken het project zeer aantrekkelijk voor zowel studenten als docenten, waardoor doorwerking in het onderwijs gegarandeerd is.
De Nederlandse onafhankelijke bierbrouwers, die zijn aangesloten bij branchevereniging CRAFT, hebben een groeiend te kort aan hop. Achteruitgang van het teeltareaal en slechte zomers zorgen ervoor dat er te weinig hop beschikbaar is. Hop is een belangrijke smaakcomponent in het brouwen van speciaalbier, waar deze bierbrouwers in gespecialiseerd zijn en waar steeds meer vraag naar is. De teelt van hop is echter uit Nederland verdwenen waardoor de brouwers afhankelijk zijn van hop uit het buitenland. De bierbrouwers zijn daarom op zoek naar een Hollandse hop, met een authentieke smaak, die lokaal geteeld kan worden, voor het brouwen van hun speciaalbieren. In deze aanvraag willen we nieuwe teeltmethoden ontwikkelen om hoogkwalitatieve hop in Nederland te telen. Daarnaast gaan we voor de veredeling van een Hollandse hop variëteit op zoek naar hopplanten in herbaria en in het wild, die als kruisingsouders kunnen dienen. Van deze planten gaan we DNA-profielen maken en vergelijken met de DNA-profielen van huidige variëteiten om de genetische overeenkomsten en verschillen tussen de planten in kaart te brengen. Tevens gaan we de smaak-profielen van de verwilderde en huidige hop variëteiten bepalen om authentieke smaakcompenten op te sporen. De nieuwste technieken op het gebied van DNA sequensing en chemische analyse van inhoudsstoffen zullen ingezet worden om deze gegevens te verzamelen. Daarnaast zullen moleculaire merkers ontwikkeld worden die gebruikt worden bij merker-gestuurde veredeling. De verzamelde gegevens over de genetische achtergrond (fylogenie) en smaakcomponenten zullen als basis dienen voor de keuze van het beste oudermateriaal om te starten met de moleculaire veredeling van een nieuwe Hollandse hop variëteit die een authentieke smaak heeft, lokaal in Nederland geteeld wordt, en gebruikt wordt voor het maken van lokaal speciaalbier.
