Using an optimized transformation protocol we have studied the possible interactions between transforming plasmid DNA and the Hansenula polymorpha genome. Plasmids consisting only of a pBR322 replicon, an antibiotic resistance marker for Escherichia coli and the Saccharomyces cerevisiae LEU2 gene were shown to replicate autonomously in the yeast at an approximate copy number of 6 (copies per genome equivalent). This autonomous behaviour is probably due to an H. polymorpha replicon-like sequence present on the S. cerevisiae LEU2 gene fragment. Plasmids replicated as multimers consisting of monomers connected in a head-to-tail configuration. Two out of nine transformants analysed appeared to contain plasmid multimers in which one of the monomers contained a deletion. Plasmids containing internal or flanking regions of the genomic alcohol oxidase gene were shown to integrate by homologous single or double cross-over recombination. Both single- and multi-copy (two or three) tandem integrations were observed. Targeted integration occurred in 1-22% of the cases and was only observed with plasmids linearized within the genomic sequences, indicating that homologous linear ends are recombinogenic in H. polymorpha. In the cases in which no targeted integration occurred, double-strand breaks were efficiently repaired in a homology-independent way. Repair of double-strand breaks was precise in 50-68% of the cases. Linearization within homologous as well as nonhomologous plasmid regions stimulated transformation frequencies up to 15-fold.
The Dutch approach to genomics and society is taken as an example to show that the dream of achieving a symmetrical dialogue between social and bioscientists is not easily realized. Dutch social science and genomics experts aspired to create a bottom-up network for society and genomics that would enable social scientists to bring their own expertise and views into the dialogue with bioscientists. However, in the final stage of founding the network, this aspiration was nipped in the bud. As a result, the genomics and society research agenda has become primarily governed by the desire to adequately implement genomics in society.
BACKGROUND: Overweight and obesity is a growing health problem worldwide. The most effective strategy to reduce weight is energy restriction (ER). ER has been shown to be beneficial in disease prevention and it reduces chronic inflammation. Recent studies suggest that reducing the protein quantity of a diet contributes to the beneficial effects by ER. The organ most extensively affected during ER is white adipose tissue (WAT).OBJECTIVE: The first objective was to assess changes in gene expression between a high-protein diet and a normal protein diet during ER. Second, the total effect of ER on changes in gene expression in WAT was assessed.METHODS: In a parallel double-blinded controlled study, overweight older participants adhered to a 25% ER diet, either combined with high-protein intake (HP-ER, 1.7 g kg-1 per day), or with normal protein intake (NP-ER, 0.9 g kg-1 per day) for 12 weeks. From 10 HP-ER participants and 12 NP-ER participants subcutaneous WAT biopsies were collected before and after the diet intervention. Adipose tissue was used to isolate total RNA and to evaluate whole-genome gene expression changes upon a HP-ER and NP-ER diet.RESULTS: A different gene expression response between HP-ER and NP-ER was observed for 530 genes. After NP-ER, a downregulation in expression of genes linked to immune cell infiltration, adaptive immune response and inflammasome was found, whereas no such effect was found after HP-ER. HP-ER resulted in upregulation in expression of genes linked to cell cycle, GPCR signalling, olfactory signalling and nitrogen metabolism. Upon 25% ER, gene sets related to energy metabolism and immune response were decreased.CONCLUSIONS: Based on gene expression changes, we concluded that consumption of normal protein quantity compared with high-protein quantity during ER has a more beneficial effect on inflammation-related gene expression in WAT.
Mensen die moeite hebben met lezen en schrijven (laaggeletterden) zijn ondervertegenwoordigd in onderzoek, waardoor een belangrijke onderzoekspopulatie ontbreekt. Dit is een probleem, omdat zorgbeleid dan onvoldoende op hun behoeften wordt aangepast. Laaggeletterden hebben vaak een lage sociaal economische positie (SEP). Mensen met een lage SEP leven gemiddeld 4 jaar korter en 15 jaar in minder goed ervaren gezondheid vergeleken met mensen met een hoge SEP. Om laaggeletterden te betrekken in onderzoek, is het o.a. nodig om onderzoek toegankelijker te maken. Dit project draagt hieraan bij door de ontwikkeling van een toolbox voor toegankelijke (proefpersonen)informatie (pif) en toestemmingsverklaringen. We ontwikkelen in co-creatie met de doelgroep toegankelijke audiovisuele materialen die breed ingezet kunnen worden door (gezondheids)onderzoekers van (zorggerelateerde) instanties/bedrijven én kennisinstellingen voor de werving voor en informatieverstrekking over onderzoek. In de multidisciplinaire samenwerking met onze partners YURR.studio, Pharos, Stichting ABC, Stichting Crowdience, de HAN-Sterkplaats en de Academische Werkplaats Sterker op eigen benen (AW-SOEB) van Radboudumc stellen we de behoeften van de doelgroep centraal. Middels creatieve sessies en gebruikerservaringen wordt in een iteratief ontwerpende onderzoeksaanpak toegewerkt naar diverse ontwerpen van informatiebrieven en toestemmingsverklaringen, waarbij de visuele communicatie dragend is. Het ontwikkelproces biedt kennisontwikkeling en hands-on praktijkvoorbeelden voor designers en grafisch vormgevers in het toegankelijk maken van informatie. Als laaggeletterden beter bereikt worden d.m.v. de pif-toolbox, kunnen de inzichten van deze groep worden meegenomen. Dit zorgt voor een minder scheef beeld in onderzoek, waardoor (gezondheids)beleid zich beter kan richten op kwetsbare doelgroepen. Hiermee wordt een bijdrage geleverd aan het verkleinen van gezondheidsverschillen.
Patiëntdata uit vragenlijsten, fysieke testen en ‘wearables’ hebben veel potentie om fysiotherapie-behandelingen te personaliseren (zogeheten ‘datagedragen’ zorg) en gedeelde besluitvorming tussen fysiotherapeut en patiënt te faciliteren. Hiermee kan fysiotherapie mogelijk doelmatiger en effectiever worden. Veel fysiotherapeuten en hun patiënten zien echter nauwelijks meerwaarde in het verzamelen van patiëntdata, maar vooral toegenomen administratieve last. In de bestaande landelijke databases krijgen fysiotherapeuten en hun patiënten de door hen zelf verzamelde patiëntdata via een online dashboard weliswaar teruggekoppeld, maar op een weinig betekenisvolle manier doordat het dashboard primair gericht is op wensen van externe partijen (zoals zorgverzekeraars). Door gebruik te maken van technologische innovaties zoals gepersonaliseerde datavisualisaties op basis van geavanceerde data science analyses kunnen patiëntdata betekenisvoller teruggekoppeld en ingezet worden. Wij zetten technologie dus in om ‘datagedragen’, gepersonaliseerde zorg, in dit geval binnen de fysiotherapie, een stap dichterbij te brengen. De kennis opgedaan in de project is tevens relevant voor andere zorgberoepen. In dit KIEM-project worden eerst wensen van eindgebruikers, bestaande succesvolle datavisualisaties en de hiervoor vereiste data science analyses geïnventariseerd (werkpakket 1: inventarisatie). Op basis hiervan worden meerdere prototypes van inzichtelijke datavisualisaties ontwikkeld (bijvoorbeeld visualisatie van patiëntscores in vergelijking met (beoogde) normscores, of van voorspelling van verwacht herstel op basis van data van vergelijkbare eerdere patiënten). Middels focusgroepinterviews met fysiotherapeuten en patiënten worden hieruit de meest kansrijke (maximaal 5) prototypes geselecteerd. Voor deze geselecteerde prototypes worden vervolgens de vereiste data-analyses ontwikkeld die de datavisualisaties op de dashboards van de landelijke databases mogelijk maken (werkpakket 2: prototypes en data-analyses). In kleine pilots worden deze datavisualisaties door eindgebruikers toegepast in de praktijk om te bepalen of ze daadwerkelijk aan hun wensen voldoen (werkpakket 3: pilots). Uit dit 1-jarige project kan een groot vervolgonderzoek ‘ontkiemen’ naar het effect van betekenisvolle datavisualisaties op de uitkomsten van zorg.
Veel ouderen ervaren tijdens en na ziekenhuisopname functieverlies. ‘Function Focused Care in Hospital’, ook wel bekend als bewegingsgerichte zorg, is een interventie gericht op het voorkomen en verminderen van functieverlies bij ouderen tijdens een ziekenhuisopname. Verpleegkundigen moedigen patiënten aan tot actieve betrokkenheid in de dagelijkse zorgmomenten.
