The analysis of regulatory regions in genome sequences is strongly based on the detection of potential transcription factor binding sites. The preferred models for representation of transcription factor binding specificity have been termed position-specific scoring matrices. JASPAR is an open-access database of annotated, high-quality, matrix-based transcription factor binding site profiles for multicellular eukaryotes. The profiles were derived exclusively from sets of nucleotide sequences experimentally demonstrated to bind transcription factors. The database is complemented by a web interface for browsing, searching and subset selection, an online sequence analysis utility and a suite of programming tools for genome-wide and comparative genomic analysis of regulatory regions. JASPAR is available at http://jaspar. cgb.ki.se.
DOCUMENT
Jan Hylén also attending the Surf Education Days 2005, held a presentation about Open Source Software and Open Content (such as the MIT Open Courseware project and the Open Access initiative). Jan Hylén is working at the Centre for Educational Research and Innovation (CERI) of the Organization of Economic Co-operation and Development (OECD). I had an interview with him at the Surf Education Days. The OECD groups 30 member countries sharing a commitment to democratic government and the market economy. With active relationships with some 70 other countries, NGOs and civil society, it has a global reach. Best known for its publications and its statistics, its work covers economic and social issues from macroeconomics, to trade, education, development and science and innovation.
DOCUMENT
Nederland zet koers richting een open vorm van wetenschapsbeoefening, getuige onder andere de lancering van het Nationaal Plan Open Science (NPOS) afgelopen februari en het nieuwe regeerakkoord dat stelt dat open access en open science de norm worden in wetenschappelijk onderzoek. Open science heeft als doel om wetenschappelijke kennis op transparante wijze en voor een breed publiek te publiceren. Dat vergt een herijking van onderzoek doen, samenwerking tussen onderzoekers en de wijze waarop kennis wordt gedeeld en de wetenschap wordt georganiseerd. Informatieprofessionals kunnen hierbij een rol van betekenis spelen, zoals blijkt uit cases van de Universiteit Utrecht, Hogeschool van Arnhem en Nijmegen en KNMI. Maar eerst een korte toelichting op open science en het NPOS. http://www.informatieprofessional.nl
DOCUMENT
MKB-bedrijven op het gebied van architectuur, gebiedsontwikkeling, ontwerp, digital design en technologie-ontwikkeling zien een nieuwe ‘markt’ ontstaan in de toenemende interesse voor de stedelijke commons. Dat zijn lokale gemeenschappen waarin mensen resources zoals energie, mobiliteit of woonruimte met elkaar delen en beheren, op een duurzame en pro-sociale manier. MKB-bedrijven zien kansen om in co-creatie met deze leefgemeenschappen nieuwe diensten en producten te ontwikkelen waarmee bewoners hun hulpbronnen gemeenschappelijk kunnen managen. MKB-bedrijven zien de ontwikkeling van stedelijke commons daarnaast als mogelijke oplossing voor urgente maatschappelijke vraagstukken en missies op het gebied van inclusieve woningbouw, duurzaamheid en de energietransitie. Voor het goed functioneren van de commons is een heldere articulatie en implementatie van hun onderliggende (maatschappelijke) waarden essentieel. Dit vraagt van MKB-bedrijven een zoektocht naar nieuwe manieren van gebieds- en technologie-ontwikkeling in samenwerking met bewoners. Een specifiek probleem daarbij betreft het vertalen van de commons-waarden naar een technologisch systeem dat het gezamenlijk beheer van hulpbronnen mogelijk maakt. Hiervoor wordt veel verwacht van digitale platformen en distributed ledgers technologies zoals de blockchain. Dit zijn databases die precies bijhouden wie wat bijdraagt en gebruikt. Ze koppelen zo’n boekhouding ook aan rechten, plichten en reputaties van de deelnemers. Bij de inrichting van zo’n systeem moeten ontwerpers steeds keuzes maken en rekening houden met spanningen tussen bijvoorbeeld privacy en transparantie, of individuele en collectieve belangen. In dit ontwerpproces stuiten MKBs op een kennishiaat. Hoe kunnen de onderliggende (maatschappelijke) waarden van commons-gemeenschappen 1) worden gearticuleerd en 2) vertaald naar een ontwerp voor de organisatie van een stedelijke commons met behulp van digitale platformen? Dit onderzoek verkent deze vragen in een fieldlab in Amersfoort, op twee ‘transfersites’ in Amsterdam en Birmingham, en met community of practice partners. Samen met hen worden een set design-principes en richtlijnen ontwikkeld voor het ontwerp van DLTs voor de stedelijke commons.
In het project 'Circular Material Testing for 3DP' (CMT) willen partners HB3D en Bambooder samen met de Hogeschool van Amsterdam (HvA) de geschiktheid beoordelen van verschillende circulaire materialen voor 3D-printen (3DP) met industriële robots, om een verdere verduurzaming van deze technologie te ondersteunen. Verschillende materialen zullen worden onderzocht en vergeleken op hun optimale printomstandigheden. Er zal een beoordelingsprotocol worden ontwikkeld om de materialen te beoordelen. Dit protocol introduceert a) specifiek ontworpen 3D-objecten die kunnen helpen bij het demonstreren en vergelijken van printcapaciteiten; b) specifieke tests om de mechanische eigenschappen van het materiaal te bepalen en c) circulaire experimenten om de 3DP-levenscyclus van deze materiaalstromen te controleren (d.w.z. de mogelijkheid om opnieuw te printen met het materiaal van een oude print). Alle resultaten zullen op een uniforme en uitgebreide manier worden gepresenteerd om de norm te stellen voor toekomstige tests en om ontwerpers / producenten te ondersteunen bij het selecteren van materialen voor Robot 3DP-toepassingen. Onderzoek wordt uitgevoerd door de Digital Production Research Group van het Centre of Expertise Urban Technology, samen met bovengenoemde partners, die leveranciers zijn van biobased plastics (Bambooder) en Robot 3DP toepassen (HB3D). De ontwikkelde tests zullen worden toegepast op standaard, fossiel polymeermateriaal, en vervolgens op twee nieuwe, circulaire materialen voor 3DP, geleverd door Bambooder en HB3D (die circulaire printmaterialen van DSM gaat leveren). Het project werkt toe naar een standaard beoordelingsprotocol (inclusief circulariteit) dat de acceptatie van nieuwe materialen voor 3DP kan vergemakkelijken. Een dergelijk protocol biedt materiaaleigenaren nieuwe kansen om hun specifieke afvalstromen te upcyclen. CMT is een belangrijke en gewenste stap richting industrieel 3D-printen met circulaire materialen, dat bijdraagt aan de ontwikkeling van slimme industrie en circulaire economie, beide relevant voor de maatschappelijke uitdagingen zoals opgenomen in de nationale Kennis- en Innovatieagenda voor wetenschap en technologie.
Hoogwaardig afvalhout van bewoners, bouwbedrijven en meubelmakers blijft momenteel ongebruikt omdat het te arbeidsintensief is om grote hoeveelheden ongelijke stukken hout van verschillende afmetingen en soorten te verwerken. Waardevol hout wordt waardeloos afval, tegen de principes van de circulaire economie in. In CW.Code werken Powerhouse Company, Bureau HUNC en Vrijpaleis samen met de HvA om te onderzoeken hoe een toegankelijke ontwerptool te ontwikkelen om upcycling en waardecreatie van afvalhout te faciliteren. In andere projecten hebben HvA en partners verschillende objecten gemaakt van afvalhout: een stoel, een receptiebalie, kleine meubels en objecten voor de openbare ruimte, vervaardigd met industriële robots. Deze objecten zijn 3D gemodelleerd met behulp van specifieke algoritmen, in de algemeen gebruikte ontwerpsoftware Rhino en Grasshopper. De projectpartners willen nu onderzoeken hoe deze algoritmen via een toegankelijke tool bruikbaar te maken voor creatieve praktijken. Deze tool integreert generatieve ontwerpalgoritmen en regelsets die rekening houden met beschikbaar afvalhout, en de ecologische, financiële en sociale impact van resulterende ontwerpen evalueren. De belangrijkste ontwerpparameters kunnen worden gemanipuleerd door ontwerpers en/of eindgebruikers, waardoor het een waardevol hulpmiddel wordt voor het co-creëren van circulaire toepassingen voor afvalhout. Dit onderzoek wordt uitgevoerd door HvA Digital Production Research Group, met bovengenoemde partners. HUNC heeft ervaring met stadsontwikkeling waarbij gebruik wordt gemaakt van lokaal gekapt afvalhout. Vrijpaleis biedt toegang tot een actieve, lokale community van makers met een sterke band met buurtbewoners. Powerhouse Company heeft ervaring in het ontwerpen met hout in de bouw. Alle drie kunnen profiteren van slimmere circulaire ontwerptools, waarbij beschikbaar materiaal, productiebeperkingen en impactevaluatie worden geïntegreerd. De tool wordt ontwikkeld en getest voor twee designcases: een binnenmeubelobject en een buitengevelelement. Bevindingen hiervan zullen leidend zijn bij de ontwikkeling van de tool. Na afronding van het project is een bètaversie gereed voor validatie door ontwerpers, bewonerscollectieven en onderzoek/onderwijs van de HvA.
